proces formulace diagnózy se nazývá klinické rozhodování. Lékař používá informace shromážděné z anamnézy a fyzických a duševních vyšetření k vytvoření seznamu možných příčin poruchy, nazývané diferenciální diagnóza. Lékař pak rozhodne, jaké testy nařídit, aby pomohl upřesnit seznam nebo identifikovat konkrétní onemocnění odpovědné za stížnosti pacienta. Během tohoto procesu budou některé možné nemoci vyřazeny a přidány nové, protože testy buď potvrdí nebo vyvrátí možnost, že je daná nemoc přítomna. Seznam je zpřesněn, dokud se lékař necítí oprávněný v postupu k léčbě. I po zahájení léčby může být seznam možných diagnóz dále revidován, pokud pacient nepostupuje podle očekávání.

hypotézy jsou řazeny s nejpravděpodobnějším onemocněním na prvním místě. Někdy je však méně pravděpodobné onemocnění řešeno jako první, protože je život ohrožující a může vést k vážným následkům, pokud nebude léčeno okamžitě. V návaznosti na tento kurz, možnost srdečního infarktu by být odstraněny v první pacient zažívá bolest na hrudi, a zánět slepého střeva by byla první podmínka, která musí být řešena v dítě s bolestí břicha, i když méně závažné onemocnění je více pravděpodobné.

algoritmus je posloupnost alternativních kroků, které lze podniknout k řešení problémů—tj. Počínaje hlavní stížností nebo klíčovým vodítkem, lékař se pohybuje podél tohoto rozhodovacího stromu, řídí jedním ze dvou způsobů každou novou informací, a eliminuje diagnózy. Pokud byla provedena nesprávná cesta, lékař se vrátí do předchozího bodu větvení a následuje druhou cestu. Počítače mohou být použity k pomoci při stanovení diagnózy; nicméně, postrádají intuici zkušeného lékaře a neverbální diagnostické stopy získané během rozhovoru.

diagnostické testy zřídka zjišťují přítomnost onemocnění bez pochyb. Čím větší je citlivost a specificita testu, tím užitečnější bude. Objednání příliš mnoho testů představuje značné nebezpečí, a to nejen z důvodu nízké efektivnosti nákladů, ale také proto, že falešně abnormální výsledek testu, vyžaduje další série zkoušek prokázat nebo vyvrátit jeho přesnost. Toto další testování může zahrnovat další nepohodlí, riziko, a náklady pro pacienta, což je obzvláště nešťastné, pokud testy nemusí být objednány na prvním místě. Je stejně důležité vědět, kdy si test neobjednat, a vědět, které testy si objednat.

důležitým rysem klinického rozhodování je Trvalý vztah mezi lékařem a pacientem. Znalosti, které lékař získá v péči o pacienta po dlouhou dobu, mohou poskytnout lepší vhled do pravděpodobnosti, že je daná nemoc přítomna. Když jsou příznaky způsobeny emocionálními faktory, známý osobní lékař je s větší pravděpodobností přesně diagnostikuje, než je lékař, který poprvé vidí pacienta. Také zdlouhavé a důvěryhodné spojení s lékařem často pozitivně ovlivní výsledek pacienta. Sporadické návštěvy pohotovostního oddělení nemocnice, kde jsou lékaři, kteří nejsou s pacientem obeznámeni, požádáni o poskytnutí diagnóz a léčby bez výhod tohoto partnerství, jsou tedy s větší pravděpodobností neefektivní, drahé a méně osobně uspokojující.

brzy v průběhu onemocnění musí být učiněna rozhodnutí s menším počtem stop k diagnóze, než je pravděpodobné, že budou k dispozici později. Jedním z nejobtížnějších úkolů v medicíně je oddělit v raných stádiích nemoci závažné a život ohrožující nemoci od přechodných a menších. Mnoho nemocí se vyřeší, aniž by bylo dosaženo diagnózy. Nicméně, nemoc může zůstat nediagnostikována měsíce nebo roky, než se objeví nové příznaky a nemoc postoupí do fáze, která umožňuje diagnózu. Příkladem je roztroušená skleróza, která může představovat nic víc než přechodné rozmazané vidění a může trvat roky, než jiné, více specifické příznaky objeví.

pacienti mají často nediferencované stížnosti, které mohou představovat méně časté závažné onemocnění nebo běžnou, ale ne velmi závažnou poruchu. Například pacient může mít únavu. V závislosti na rodinné anamnéze pacienta a osobním pozadí může lékař zpočátku myslet na depresi a další anémii sekundární k gastrointestinálnímu krvácení. Bude následovat řada méně pravděpodobných poruch. Anémie lze snadno vyloučit levnými testy hemoglobinu a hematokritu. Tyto testy by měly být objednány, i když je deprese správnou diagnózou, protože anémie může přispět k únavě a měla by být také léčena. Deprese může být diagnostikována vhodným dotazováním a fyzikální vyšetření může eliminovat mnoho dalších diagnostických možností.