Test Popis

MLH1 coding exons 1-19, MSH2 coding exons 1-16, MSH6 coding exons 1-10, a PMS2 coding exons 1-15, a tak do 5′ a 3′ konce všech intronů a nepřeložené jsou regiony analyzovány pomocí sekvenování. Analýza hrubé delece / duplikace určuje číslo kopie genu pro všechny kódující exony MLH1, MSH2, MSH6 a PMS2 a kódující exon 9 EPCAM. Inverze kódujících exonů 1-7 genu MSH2 je detekována NGS a potvrzena elektroforézou PCR a agarózového gelu. Klinicky významné intronické nálezy nad 5 párů bází jsou vždy hlášeny. Intronické varianty neznámého nebo nepravděpodobného klinického významu nejsou hlášeny nad 5 párů bází ze spojovacího spojení. Genomová deoxyribonukleová kyselina (gDNA) je izolována ze vzorku pacienta pomocí standardizované metodiky a kvantifikována. Sekvence obohacení cílových kódujících exonů a přilehlých intronic nukleotidy se provádí návnadu-zachytit metodiky, pomocí dlouhé biotinylated oligonukleotidových sond následuje polymerázové řetězové reakce (PCR) a příští generace sekvenování (NGS). Sanger sekvenování se provádí pro všechny regiony, chybějící nebo nedostatečné přečtěte si podrobné pokrytí pro spolehlivé heterozygotní varianta detekce. Potenciálně homozygotní varianty, varianty v regionech komplikuje pseudogene rušení, a varianta hovory, které nesplňují hloubky pokrytí a varianta alely kvality, prahové hodnoty jsou ověřeny pomocí Sangerova sekvenování. Provádí se také hrubá deleční / duplikační analýza MLH1, MSH2, MSH6 a PMS2 pomocí hloubky čtení z dat NGS a EPCAM pomocí multiplexní amplifikace sondy závislé na ligaci (MLPA). Jakékoli změny počtu kopií zjištěné NGS jsou potvrzeny cíleným chromozomálním microarray a / nebo MLPA. Pokud odstranění je detekován v exons 13, 14, nebo 15 PMS2, dvouvláknová sekvenování vhodné exon(s) pseudogene, PMS2CL, bude provedena k určení, zda odstranění se nachází v PMS2 gene or pseudogene. Pokud je v exonu 9 EPCAM detekována delece, bude provedena deleční / duplikační analýza kódujících exonů 3 a 8 EPCAM. U EPCAM jsou hlášeny pouze hrubé delece zahrnující 3 ‚ konec genu.