Während der Jurazeit (vor etwa 201 bis 145 Millionen Jahren)grenzte ein tiefer Krusten—Downwarp — der Tethys-Ozean – an den gesamten südlichen Rand Eurasiens und schloss dann die Arabische Halbinsel und den indischen Subkontinent aus. Vor etwa 180 Millionen Jahren begann der alte Superkontinent Gondwana (oder Gondwanaland) aufzubrechen. Eines von Gondwanas Fragmenten, die lithosphärische Platte, die den indischen Subkontinent umfasste, verfolgte in den folgenden 130 bis 140 Millionen Jahren einen Kollisionskurs nach Norden in Richtung der Eurasischen Platte. Die indisch-australische Platte begrenzte den Tethys-Graben allmählich in einer riesigen Zange zwischen sich und der eurasischen Platte. Als sich der Tethys-Graben verengte, verbogen zunehmende Druckkräfte die darunter liegenden Gesteinsschichten und erzeugten Verschachtelungsfehler in seinen marinen Sedimenten. Massen von Graniten und Basalten drangen aus der Tiefe des Mantels in diese geschwächte Sedimentkruste ein. Vor etwa 40 bis 50 Millionen Jahren kollidierte der indische Subkontinent schließlich mit Eurasien. Die Platte, die Indien enthielt, wurde unter dem Tethys-Graben in immer größerer Steigung nach unten geschert oder subduziert.Während der nächsten 30 Millionen Jahre entwässerten flache Teile des Tethys-Ozeans allmählich, als sein Meeresboden durch die eintauchende indisch-australische Platte nach oben gedrückt wurde; Diese Aktion bildete das Plateau von Tibet. Am südlichen Rand des Plateaus wurden Marginal Mountains — die heutigen Trans-Himalaya—Gebirge – zur ersten großen Wasserscheide der Region und stiegen hoch genug, um eine klimatische Barriere zu werden. Als an den steileren Südhängen stärkere Regenfälle fielen, Die großen südlichen Flüsse erodierten mit zunehmender Kraft entlang alter Querfehler nach Norden in Richtung Quellgebiet und eroberten die auf das Plateau fließenden Bäche, Damit wurde der Grundstein für die Entwässerungsmuster für einen großen Teil Asiens gelegt. Im Süden füllten sich die nördlichen Ausläufer des Arabischen Meeres und der Bucht von Bengalen schnell mit Trümmern, die von den Flüssen Indus, Ganges und Brahmaputra herabgetragen wurden. Die ausgedehnte Erosion und Ablagerung setzt sich auch heute noch fort, da diese Flüsse täglich immense Mengen an Material transportieren.

Schließlich, vor etwa 20 Millionen Jahren, während des frühen Miozäns, nahm das Tempo der knirschenden Vereinigung zwischen den beiden Platten stark zu, und der Himalaya-Gebirgsbau begann ernsthaft. Als die Platte des indischen Subkontinents weiter unter den ehemaligen Tethys-Graben stürzte, Die obersten Schichten alter metamorpher Gesteine aus Gondwana schälten sich über eine lange horizontale Strecke nach Süden zurück, Bildung von Decken. Eine Welle nach der anderen schob sich nach Süden über die indische Landmasse für bis zu 60 Meilen (etwa 100 km). Jede neue Decke bestand aus Gondwana-Felsen, die älter als die letzte waren. Mit der Zeit wurden diese Decken gefaltet und zogen den ehemaligen Graben um etwa 250 bis 500 horizontale Meilen (400 bis 800 km) zusammen. Während der ganzen Zeit entsprachen die herabfallenden Flüsse der Hebungsrate und transportierten große Mengen erodierten Materials vom aufsteigenden Himalaya in die Ebenen, wo es von den Flüssen Indus, Ganges und Brahmaputra abgeladen wurde. Das Gewicht dieses Sediments erzeugte Vertiefungen, die wiederum mehr Sediment aufnehmen konnten. An einigen Stellen übersteigt das Alluvium unter der Indo-Gangetic Ebene jetzt 25.000 Fuß (7.600 Meter) in der Tiefe.Wahrscheinlich erst in den letzten 600.000 Jahren, während des Pleistozäns (vor etwa 2.600.000 bis 11.700 Jahren), wurde der Himalaya zu den höchsten Bergen der Erde. Wenn starke horizontale Stöße das Miozän und das nachfolgende Pliozän (vor etwa 23 bis 2,6 Millionen Jahren) charakterisierten, verkörperten intensive Hebungen das Pleistozän. Entlang der Kernzone der nördlichsten Decken— und knapp darüber hinaus – kristallinen Gesteinen mit neuen Gneis und Granit Intrusionen entstanden die Staffelung Kämme zu produzieren heute gesehen. Auf einigen Gipfeln, wie dem Mount Everest, trugen die kristallinen Gesteine alte fossilhaltige Tethys-Sedimente vom Norden huckepack zu den Gipfeln.

Sobald der Große Himalaya hoch genug aufgestiegen war, wurden sie zu einer klimatischen Barriere: Die Randberge im Norden wurden des Regens beraubt und so ausgetrocknet wie das Plateau Tibets. Im Gegensatz, An den nassen Südflanken strömten die Flüsse mit einer solchen erosiven Energie, dass sie die Kammlinie zwangen, langsam nach Norden zu wandern. Gleichzeitig setzten die großen Querflüsse, die den Himalaya durchbrachen, ihren Rückgang mit der Erhebung fort. Veränderungen in der Landschaft, jedoch, zwang alle außer diesen großen Flüssen, ihre unteren Kurse umzuleiten, weil, wie die nördlichen Kämme stiegen, so auch der südliche Rand der ausgedehnten Decken. Die Formationen der Siwalik-Reihe wurden überstoßen und gefaltet, und dazwischen der Kleine Himalaya nach unten verzogen, um die Midlands zu formen. Jetzt daran gehindert, genau nach Süden zu fließen, Die meisten kleineren Flüsse liefen nach Osten oder Westen durch strukturelle Schwächen in den Midlands, bis sie die neue südliche Barriere durchbrechen oder sich einem großen Strom anschließen konnten.In einigen Tälern, wie dem Tal von Kaschmir und dem Kathmandu-Tal in Nepal, bildeten sich vorübergehend Seen, die sich dann mit pleistozänen Ablagerungen füllten. Nach dem Austrocknen vor etwa 200.000 Jahren stieg das Kathmandu-Tal mindestens 650 Fuß (200 Meter), ein Hinweis auf lokalisierte Hebung innerhalb des Kleinen Himalaya.