Mission San Francisco de Solano markiert das Ende des Mission Trail. Diese einundzwanzigste und letzte Mission wurde am 4. Juli 1823 in der heutigen Stadt Sonoma gegründet. Als die Franziskanerväter diese nördlichste Mission errichteten, gipfelte sie in dreihundert Jahren spanisch-mexikanischer Besiedlung in Kalifornien, die auf das Jahr 1523 zurückgeht. Mission San Francisco Solano war die einzige Mission, die nach der Unabhängigkeit Mexikos von Spanien gegründet wurde, und die einzige Mission, die ohne vorherige Zustimmung der Kirche gegründet wurde.Mission Solano war das Gehirnkind von Pater José Altimira, der während seiner Arbeit in der nahe gelegenen Mission San Francisco de Asís unzufrieden wurde und beschloss, seine eigene Mission zu beginnen. Nach Erhalt der Erlaubnis des kalifornischen Gouverneurs Don Luis Arguello wurde ein Plan erstellt, um die Mission San Francisco de Asís und San Rafael zu schließen und Waren und Missionsindianer in den neuen Missionskomplex in Solano zu verlegen. Während des Baus der Mission Solano blieben die Arbeiter in diesen Holzbaracken und warteten darauf, dass die permanente Mission aus Lehmziegeln gebaut wurde. Der Bau wurde jedoch durch einen Befehl von Pater Presidente de Sarria vorübergehend gestoppt, da viele in der Diözese das Gefühl hatten, dass die Ära der Mission zu Ende ging. Die Arbeiten an der Mission konnten dann beendet werden, als vereinbart wurde, dass die Mission San Francisco de Asís und die Mission San Rafael nicht geschlossen werden.Mission Solano befindet sich gegenüber der Sonoma Military Barracks, die 1836 von General Vallejo erbaut wurde. Hier wurde am 14.Juli 1846 die erste Bärenflagge über Kalifornien gehisst, die Kalifornien zur Republik erklärte und gleichzeitig die Unabhängigkeit von Mexiko erklärte.

Die Kirche in Mission Solano wurde 1841 gebaut, um die ursprüngliche Struktur zu ersetzen, die zusammengebrochen war. Ein Mangel an Geld hinderte die Väter daran, diese Missionskirche in der aufwendigen Art und Weise zu schaffen, an die sie in Europa gewöhnt waren. Das Auge über dem Altar wird als „das Auge des Himmels“ bezeichnet, von dem die Väter sagten, dass es Gott erlaubte, die Kirche im Auge zu behalten. Im Inneren der Kirche befindet sich ein Porträt dieses Missionspatrons, Francis Solano, ein Missionar der peruanischen Missionen.Das Erdbeben von 1906 zerstörte die Mission, nur um sie durch die engagierten Bemühungen von Gruppen wie der Historic Landmarks League wiederherzustellen. Das Erbe der kalifornischen Missionen lebt auf einer Mission Solano wie im Rest dieser historischen Kette.