El 4 de diciembre de 1906, siete estudiantes de pregrado en la Universidad de Cornell, «The Siete Joyas, » Fraternidad Alpha Phi Alpha organizada, la primera fraternidad intercolegiada con letras griegas entre hombres afroamericanos. Con la Gran Esfinge de Giza como símbolo, y el lema «En primer lugar, Sirvientes de Todos, Trascenderemos a Todos», Alpha Phi Alpha se dedicó a defender los derechos y promover las responsabilidades de los afroamericanos. Los fundadores de Alpha Phi Alpha buscaron combinar el propósito social con la acción social, para ser más que una organización social.

A lo largo de su historia, Alpha Phi Alpha ha promovido el conocimiento y los logros. Los archivos de Alpha Chapter en la Universidad de Cornell revelan la tenacidad de los primeros miembros de la Fraternidad a medida que se expandía a la Universidad Howard en 1907 y a la Universidad Unión de Virginia en 1908, y posteriormente a otros campus importantes en todo el país. Aunque Alpha Chapter ayudó a guiar el crecimiento temprano de la Fraternidad, pronto renunció a su papel administrativo cuando Alpha Phi Alpha se convirtió en una organización nacional. La revista Sphinx, publicada en 1914, es la segunda revista negra publicada continuamente más antigua de los Estados Unidos. La más antigua es la revista Crisis de la NAACP, que fue fundada por W. E. B. Du Bois, un miembro de la Fraternidad Alpha Phi Alpha, Inc. Alpha Chapter alentó a la Fraternidad a adoptar su programa distintivo «Go-to-High School, Go-to-College» en 1919 para aumentar el número de estudiantes negros elegibles para la inscripción en la universidad.

A lo largo de los años, Alpha Phi Alpha Fraternity, Inc ha iniciado programas nacionales para poner fin a la segregación en la educación profesional, aumentar el registro de votantes y la participación, crear viviendas decentes y asequibles para los afroamericanos, fomentar el desarrollo empresarial, fomentar la responsabilidad sexual masculina y orientar a los hombres jóvenes. En 1998, el Congreso autorizó y el Presidente aprobó la solicitud de Alpha Phi Alpha de construir un monumento conmemorativo en el Centro comercial en Washington, D. C. para honrar al Dr. Martin Luther King, Jr., uno de los miembros más distinguidos de Alpha.