La carne picada tiene problemas de seguridad alimentaria muy diferentes de los cortes enteros de carne. Si no se cuece bien, puede provocar intoxicación alimentaria. En un corte entero de un animal, el interior de la carne es esencialmente estéril, incluso antes de la cocción; cualquier contaminación bacteriana se encuentra en la superficie exterior de la carne. Esta es la razón por la que, por ejemplo, es generalmente seguro para los seres humanos consumir carne que se cocina «rara» de tal manera que el interior del corte permanezca de color rojo: el abrasador del exterior de la carne es suficiente para matar cualquier bacteria en la superficie. Sin embargo, cuando se muele la carne, la contaminación bacteriana de la superficie se puede distribuir por toda la carne. Si la carne molida de res no está bien cocida hasta el final, existe una probabilidad significativa de que sobrevivan suficientes bacterias patógenas para causar enfermedades. Además, el calentamiento acelerará la reproducción de bacterias. Las hamburguesas Jack in the Box mal cocidas contaminadas de esta manera fueron responsables de cuatro muertes y la enfermedad de cientos de personas en 1993.

Para garantizar la inocuidad de la carne molida distribuida a través del Programa Nacional de Almuerzos Escolares, los bancos de alimentos y los programas federales de alimentación y nutrición, el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos ha establecido requisitos de inocuidad y calidad de los alimentos para la carne molida que compra. Un informe del Consejo Nacional de Investigación de los Estados Unidos de 2010 revisó la base científica de las normas de seguridad de la carne molida del Departamento, evaluó cómo se comparan las normas con las utilizadas por los compradores de carne molida de gran venta minorista y de servicio de alimentos comerciales, y analizó formas de establecer evaluaciones periódicas del Programa Federal de Compra de Carne Molida. El informe concluyó que, aunque los requisitos de seguridad podrían reforzarse utilizando conceptos científicos, la prevención de futuros brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos dependerá de eliminar la contaminación durante la producción y garantizar que la carne se cocine adecuadamente antes de servirse.