7 février 2020

Par Anders Gunderson et Liana Woskie, HGHI

Dans une épidémie, la question de la rapidité avec laquelle un nouvel agent pathogène se propage d’un cas à plusieurs est une pièce essentielle du puzzle que les scientifiques tentent de assembler. Pour répondre à cette question, les experts utilisent des modèles qui fournissent des estimations, en s’appuyant sur différentes sources d’informations. Le résultat de ce processus de modélisation complexe est un nombre de reproduction de base, ou R0, qui nous indique, en moyenne, combien de personnes une personne infectée peut infecter.

Qu’est-ce que R-naught ?
R-rien (R0) est une valeur qui peut être calculée pour les maladies transmissibles. Il représente, en moyenne, le nombre de personnes auxquelles une seule personne infectée peut être amenée à transmettre cette maladie. En d’autres termes, il s’agit d’un calcul de la « propagabilité” moyenne d’une maladie infectieuse.

Pourquoi est-ce utile?
R0 fournit des informations précieuses sur la propagation potentielle d’une maladie que les gouvernements locaux, étatiques et nationaux, ainsi que les autorités de santé publique peuvent utiliser pour prendre en compte leur prise de décision afin de mieux contrôler la. De plus, comme il peut être calculé pour diverses maladies, il nous permet de contextualiser une épidémie avec celles que nous avons vues précédemment, telles que le SRAS, le MERS, Ebola, le SIDA, la grippe saisonnière, la pandémie de grippe H1N1 de 2009, etc.

Comment est-il calculé?
Trois facteurs principaux sont utilisés pour calculer R0. Ce sont la période infectieuse de la maladie, le mode de transmission et le taux de contact. Nous allons plonger un peu plus profondément dans chacun.

Période infectieuse
C’est la durée pendant laquelle une personne infectée est capable de transmettre cette infection à un autre humain — combien de temps une personne atteinte de la maladie est contagieuse. Des périodes infectieuses plus longues signifient des valeurs de R0 plus élevées.

Mode de transmission
C’est ainsi que la maladie se propage. Les infections aéroportées, comme la grippe, se propageront plus rapidement que celles nécessitant un contact physique pour être transmises, comme le VIH ou Ebola. Par conséquent, les infections aéroportées ont tendance à avoir des valeurs de R0 plus élevées.

Taux de contact
Il s’agit du nombre de personnes avec lesquelles on peut s’attendre à ce qu’une personne atteinte de la maladie entre en contact. Cette variable n’est pas spécifique à une maladie comme les deux premières. Elle est plutôt influencée par de nombreux facteurs, y compris les mesures de localisation et de santé publique en place, telles que les quarantaines ou les interdictions de voyager. Ce facteur est considérablement modifiable.

Sources d’incertitude dans R0 au cours de l’épidémie de nCoV de 2019

Période infectieuse
Cette variable est relativement fixe pour une infection donnée – mais elle peut varier quelque peu d’une personne à l’autre. Par exemple, une personne plus jeune, autrement en bonne santé, peut être infectieuse pendant moins de temps qu’une personne plus âgée ayant des problèmes de santé sous-jacents. Dans le cas de 2019-nCoV, nous avons des estimations pour la période infectieuse basées sur les cas initiaux, mais ces valeurs restent des estimations. Cela soulève également le fait que R0 est une moyenne et que les valeurs à partir desquelles il est calculé, y compris la période infectieuse, sont également des moyennes, ce qui signifie qu’il peut y avoir une variabilité considérable. Par exemple, lorsqu’il y a des superspreaders avec un R0 élevé, cela sera compensé par la plupart de la population ayant réellement un R0 faible.

Mode de transmission
Cette variable est également relativement fixe pour une infection donnée, mais comme pour la période infectieuse, nous ne savons pas exactement comment le nCoV 2019 se propage. Plusieurs premières études suggèrent que de grosses gouttelettes aéroportées, comme ce qui pourrait être produit par la toux d’une personne infectée, peuvent transmettre la maladie, mais il y a eu confusion quant à savoir si les personnes atteintes de nCoV 2019 sont infectieuses avant de développer des symptômes. Par exemple, un article publié dans le New England Journal of Medicine le 30 janvier qui documentait des preuves de transmission asymptomatique de 2019-nCoV a maintenant été rapporté être basé sur des informations erronées. Nous en apprenons encore sur ce virus, et toutes les valeurs R0 produites jusqu’à présent ne peuvent être calculées que sur la base des informations disponibles.

Taux de contact
C’est là que les choses commencent à devenir un peu plus compliquées. Le taux de contact d’un patient infecté peut varier énormément d’une personne à l’autre et dépend de nombreuses variables, notamment la géographie, les habitudes de voyage, les quarantaines ou les interdictions de voyager, et la capacité d’un système de santé à identifier et à isoler efficacement les patients infectés, pour n’en nommer que quelques-unes. Cette valeur, contrairement à la période infectieuse ou au mode de transmission, est très modifiable. Des taux de contact plus élevés signifient des valeurs de R0 plus élevées, mais tous ces facteurs doivent être estimés en fonction du contexte de l’épidémie. Dans le cas de 2019-nCoV, un article récent publié dans The Lancet a estimé les volumes de déplacements quotidiens et pris en compte les interventions de santé publique, telles que les quarantaines, pour produire leurs estimations.

R0 de 2019 – nCoV dans le contexte

R0 est souvent représenté à côté du taux de mortalité d’une maladie, comme dans ce NYT interactif (faites défiler vers le bas) ou cette visualisation. C’est un moyen utile d’avoir une idée à la fois de la « propagabilité” d’une maladie et de sa létalité, par rapport aux autres, mais ce n’est pas sans problèmes. A ce stade, le taux de mortalité de 2019 -nCoV ne peut pas être calculé avec précision car nous ne connaissons pas le nombre réel de cas totaux – il s’agit donc d’une estimation basée sur ce que nous savons à ce jour, un peu comme R0. Ainsi, de tels graphiques fournissent un contexte pour savoir où se situe le nCoV-2019 par rapport à d’autres maladies infectieuses, mais il convient de noter que le simple fait de voir que le nCoV-2019 ne semble pas être si mortel ou si étalable ne signifie pas que la réalité de l’épidémie se déroulera de cette façon.

Qu’Est-Ce Que Tout Cela Signifie?
Cela met en évidence la complexité et la variabilité inhérentes aux épidémies. Les valeurs R0 peuvent être utiles pour évaluer la gravité de l’épidémie, mais une valeur R0 élevée ne garantit pas une propagation mondiale ou une pandémie. Il s’agit d’un calcul d’une valeur moyenne basé sur des estimations de moyennes. Lorsque des valeurs R0 précoces sont produites, elles doivent être diffusées avec soin et des conseils sur la façon de les interpréter. Nous avons vu l’alarme du public autour des estimations R0 avec cette épidémie actuelle, ce que nous devrions essayer d’éviter.