Mission San Francisco de Solano marque la fin du parcours de la mission. Cette vingt et unième et dernière mission a été fondée le 4 juillet 1823 dans ce qui est aujourd’hui la ville de Sonoma. Lorsque les Pères franciscains ont érigé cette mission la plus septentrionale, elle a culminé trois cents ans de colonisation hispano-mexicaine en Californie, qui remonte à 1523. La Mission San Francisco Solano était la seule mission fondée après l’indépendance du Mexique vis-à-vis de l’Espagne, et la seule mission fondée sans l’approbation préalable de l’Église.

Mission Solano était l’enfant du cerveau du père José Altimira, qui, alors qu’il travaillait à la Mission San Francisco de Asís, située à proximité, devint mécontent et décida de commencer sa propre mission. Après avoir reçu l’autorisation du gouverneur de Californie Don Luis Arguello, un plan a été créé pour fermer la Mission San Francisco de Asís et San Rafael, et transférer des marchandises et des Indiens de la mission au nouveau complexe de la mission à Solano. Pendant la construction de la Mission Solano, les ouvriers sont restés dans ces casernes en bois, attendant que la mission permanente soit construite en adobe. Cependant, la construction a été temporairement interrompue par un ordre du Père Presidente de Sarria, car beaucoup dans le diocèse sentaient que l’ère de la mission touchait à sa fin. Les travaux ont ensuite été autorisés à être terminés sur la mission lorsqu’il a été convenu que la Mission San Francisco de Asís et la Mission San Rafael ne seraient pas fermées.

La Mission Solano est située en face de la caserne militaire de Sonoma, construite en 1836 par le général Vallejo. C’est ici que le premier drapeau à ours a été hissé sur la Californie le 14 juillet 1846, proclamant la Californie une république tout en déclarant son indépendance du Mexique.

L’église de la Mission Solano a été construite en 1841 pour remplacer la structure d’origine qui s’était effondrée. Le manque d’argent empêcha les Pères de créer cette église missionnaire de la manière élaborée à laquelle ils étaient habitués en Europe. L’œil au-dessus de l’autel est appelé « l’œil du ciel”, ce qui, selon les pères, permettait à Dieu de garder un œil vigilant sur l’église. À l’intérieur de l’église se trouve un portrait de ce saint patron des missions, Francis Solano, missionnaire des missions péruviennes.

Le tremblement de terre de 1906 a détruit la mission, seulement pour la voir restaurée grâce aux efforts dévoués de groupes comme la Ligue des Monuments historiques. L’héritage des missions californiennes vit sur une mission Solano comme il le fait dans le reste de cette chaîne historique.