Description du test

Les exons codants MLH1 1-19, les exons codants MSH2 1-16, les exons codants MSH6 1-10 et les exons codants PMS2 1-15, et bien dans les extrémités 5’ et 3’ de tous les introns et régions non traduites sont analysés par séquençage. L’analyse de délétion/duplication brute détermine le nombre de copies de gènes pour tous les exons codants de MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2, et l’exon codant 9 de l’EPCAM. L’inversion des exons codants 1-7 du gène MSH2 est détectée par NGS et confirmée par PCR et électrophorèse sur gel d’agarose. Des résultats introniques cliniquement significatifs au-delà de 5 paires de bases sont toujours rapportés. Des variantes introniques de signification clinique inconnue ou improbable ne sont pas rapportées au-delà de 5 paires de bases de la jonction d’épissure. L’acide désoxyribonucléique génomique (ADNGD) est isolé de l’échantillon du patient à l’aide d’une méthodologie normalisée et quantifié. L’enrichissement en séquence des exons codants ciblés et des nucléotides introniques adjacents est effectué par une méthodologie de capture d’appâts, à l’aide de longues sondes oligonucléotidiques biotinylées suivies d’une réaction en chaîne par polymérase (PCR) et d’un séquençage de nouvelle génération (NGS). Le séquençage de Sanger est effectué pour toutes les régions manquantes ou avec une couverture de profondeur de lecture insuffisante pour une détection fiable des variantes hétérozygotes. Des variantes potentiellement homozygotes, des variantes dans des régions compliquées par des interférences pseudogènes et des appels de variantes ne satisfaisant pas aux seuils de profondeur de couverture et de qualité de fréquence des allèles variables sont vérifiés par séquençage de Sanger. Une analyse de suppression / duplication brute de MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 en utilisant la profondeur de lecture des données NGS et EPCAM en utilisant une amplification de sonde multiplex dépendante de la ligature (MLPA) est également effectuée. Tout changement du nombre de copies détecté par les NGS est confirmé par une microréseau chromosomique ciblée et/ou MLPA. Si une délétion est détectée dans les exons 13, 14 ou 15 de PMS2, un séquençage double brin du ou des exons appropriés du pseudogène, PMS2CL, sera effectué pour déterminer si la délétion est située dans le gène ou le pseudogène PMS2. Si une suppression est détectée dans l’exon 9 de l’EPCAM, une analyse de suppression/duplication des exons de codage 3 et 8 de l’EPCAM sera effectuée. Pour l’EPCAM, seules les délétions brutes englobant l’extrémité 3’ du gène sont rapportées.