テストの説明

MLH1コーディングエクソン1-19、MSH2コーディングエクソン1-16、MSH6コーディングエクソン1-10、およびPMS2コーディングエクソン1-15、およびすべてのイントロンおよび非翻訳領域の5’および3’末端によく配列決定によって分析される。 総欠失／重複分析は、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、およびＰＭＳ２のすべてのコードエキソン、およびＥＰＣＡＭのコードエキソン９の遺伝子コピー数を決定する。 MSH2遺伝子のコードエクソン1-7の反転は、NGSによって検出され、PCRおよびアガロースゲル電気泳動によって確認される。 5塩基対を超える臨床的に有意なイントロン所見が常に報告されている。 未知またはそう臨床的意義のイントロニック変異体は、スプライス接合部から5塩基対を超えて報告されていません。 ゲノムデオキシリボ核酸（gDNA）は、標準化された方法論を使用して患者の標本から単離され、定量化される。 標的とされたコードエクソンと隣接するイントロニックヌクレオチドの配列濃縮は、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）と次世代シーケンシング（NGS）に続いて長いビオチニル化オリゴヌクレオチドプローブを使用して、ベイトキャプチャ方法論によって行われます。 Sangerの配列決定は行方不明または信頼できるヘテロ接合の変形の検出のための不十分な読まれた深さの適用範囲とあらゆる領域のために行われる。 潜在的にホモ接合変異体、擬似遺伝子干渉によって複雑な領域の変異体、およびカバレッジの深さとバリアント対立遺伝子の周波数品質閾値を満た NGSデータからの読み取り深度を用いたMLH1、MSH2、MSH6、およびPMS2の総欠失／重複分析、および多重結紮依存性プローブ増幅（MLPA）を用いたEPCAMも実施される。 ＮＧＳによって検出された任意のコピー数の変化は、標的染色体マイクロアレイおよび／またはＭＬＰＡによって確認される。 欠失がＰＭＳ２のエクソン１ ３、１ ４、または１ ５で検出された場合、欠失がＰＭＳ２遺伝子または偽遺伝子に位置するかどうかを決定するために、偽遺伝子、ＰＭＳ２ＣＬの適 EPCAMのエクソン9で削除が検出された場合、epcamの符号化エクソン3および8の削除/重複解析が行われる。 EPCAMの場合、遺伝子の3’末端を包含する総欠失のみが報告される。