馬の進化の系統は、すべての古生物学で最高の文書化の一つです。 馬の家族、馬科の歴史は、約56万年前から33.9万年前に続いた始新世の時代に始まりました。 初期の始新世の間に最初の祖先の馬、Hyracotheriumとして正しく指定された蹄、ブラウジング哺乳動物が登場したが、より一般的にEohippus、”夜明けの馬”と呼ばれています。”北米とヨーロッパの両方で発見されているEohippusの化石は、立っていた動物を示しています4。2から5手（約42.7から50.8センチメートル、または16.8から20インチ）の高さ、現代の馬と比較して小柄で、アーチ型の背中と隆起した後四分の一を持っていた。 足は、前足のそれぞれに四つの機能的なひづめと後ろ足のそれぞれに三つのパッド入りの足で終わった—全く現代の馬の詰め込まれていない、単一のひづめの足とは異なります。 頭蓋骨は、現代の馬の大きな、柔軟な銃口を欠いており、頭蓋の大きさと形状は、脳が今日の馬のそれよりもはるかに小さく、複雑ではなかったことを示 歯は、あまりにも、かなり一般的なブラウザの食事に適応して、現代の馬のものとは大きく異なっていました。 Eohippusは、実際には、現代の馬との進化的関係が最初は疑われていなかったので、unhorselikeでした。 古生物学者が後に絶滅した馬の化石を発掘するまで、エオヒッポスとの関連が明らかになったわけではありませんでした。

Eohippusから現代の馬に至る線は、次の進化の傾向を示しています: サイズの増加、蹄の数の減少、フットパッドの喪失、脚の延長、下肢の独立した骨の融合、銃口の伸長、脳の大きさおよび複雑さの増加、および放牧に適したクレステッド、高冠の歯の発達。 これは、エオヒッポスのものから現代の馬のものに必然的につながるこれらの特性の着実な、徐々に進行があったことを意味するものではありません。 このような放牧歯列などのこれらの機能のいくつかは、むしろ数多くの緩やかな変化の集大成としてではなく、化石記録に突然表示されます。 さらに、Eohippusは、現在絶滅した馬の家族の多くの枝を生み出し、そのうちのいくつかは現代の馬につながる系統とは実質的に異なっていました。

Eohippusの化石は古い世界と新しい世界の両方で発生しますが、その後の馬の進化は主に北米で行われました。 始新世の残りの間に、主要な進化的変化は歯列にあった。 始新世中期からの属であるorｈｉｐｐｕｓと始新世後期からの属であるＥｐｉｈｉｐｐｕｓは，大きさと四肢の構造においてＥｏｈｉｐｐｕｓに類似していた。 しかし、頬の歯の形—両顎の各半分に見られる四つの小臼歯と三つの大臼歯—はやや変化していた。 Ｅｏｈｉｐｐｕｓでは小臼歯と大臼歯は明らかに区別され，大臼歯はより大きかった。 Ｏｒｏｈｉｐｐｕｓでは第四小臼歯は大臼歯に類似しており，Ｅｐｉｈｉｐｐｕｓでは第三小臼歯と第四小臼歯は臼歯様になっていた。 さらに，Ｅｏｈｉｐｐｕｓの頬歯を特徴とする個々の尖は，大臼歯および小臼歯の長さを走る連続した山または尾根のシステムにＥｐｉｈｉｐｐｕｓで道を与えていた。 これらの変更は、より専門的なブラウジングダイエットへの適応を表し、現代の馬の後続のすべての祖先によって保持されました。

現代の馬の次の重要な祖先であるメソヒップスの化石は、北米の初期および中期の漸新世（漸新世の時代は約33.9万年前から23万年前まで続いた）に見 メソヒップスは始新世の祖先よりもはるかに馬のようであり、それは大きく（平均約6手の高さ）、鼻はよりmuzzlelikeであり、脚はより長く、より細身であった。 Mesohippusはまた、より大きな脳を持っていました。 前足の第四のつま先は痕跡に縮小されていたので、前足と後足の両方が三つの機能的なつま先とフットパッドを運んだ。 歯は歯に合わせて残っていました。

漸新世後期までに、MesohippusはMiohippusとして知られているやや大きな形に進化していました。 ミオヒップスの子孫は、中新世初期（中新世の時代は約23万年前から5.3万年前まで続いた）に様々な進化の枝に分割された。 アンシテレスとして知られるこれらの枝の一つには、いくつかの属からなる様々な三つま先のブラウジング馬が含まれていた。 アンシテレスは成功し、いくつかの属は北アメリカからベーリングランド橋を越えてユーラシアに広がった。p>

Equus—馬、ロバ、シマウマを含むすべての現代の馬が属する属—鮮新世の間に約4万から4.5万年前にPliohippusから進化しました。 エクウスは足のバネ機構のより大きな発達を示し、よりまっすぐで長い頬の歯を示す。 この新しい形態は非常に成功し、初期の更新世（更新世の時代は約2,600,000年から11,700年前まで続いた）までに北アメリカの平野から南アメリカに、旧世界のすべての部分に広がっていた。 エクウスは更新世を通じて北アメリカの故郷で栄えたが、その後、約10,000-8,000年前に、北アメリカと南アメリカから姿を消した。 学者たちは、壊滅的な病気の出現や人間集団の到着（おそらく馬を食糧のために狩った）など、この消失について様々な説明を提供してきました。 これらの推測にもかかわらず、新世界におけるエクウスの終焉の理由は不確実なままである。 ベーリングランド橋の水没はアジアからの馬の帰還移住を妨げ、エクウスは16世紀初頭にスペインの探検家が馬を連れて来るまで、その本来の大陸に再導入されなかった。

更新世の間に、旧世界でのエクウスの進化は、属のすべての現代のメンバーを生じさせました。 現代の馬、Equus caballusは、中央アジアからヨーロッパのほとんどに広まった。 この種のすべての品種である地元の種類の馬は間違いなく開発されており、中央アジアのPrzewalskiの馬（E.ferus przewalskiiまたはE.caballus przewalskii）、東ヨーロッパとウクライナの草原のtarpan、北ヨーロッパの森林馬は、一般的に国内の馬の祖先の株式であると信じられている。 （Przewalskiの馬は家畜化された馬と遺伝的に比較されたとき野生の馬の最後の存続の明瞭な品種であるかもしれない。）この考え方によれば、Przewalskiの馬とtarpanは、南の”温血動物”の馬が発達した基本的な繁殖株を形成し、森林の馬は重い”冷血”の品種を生み出しました。