테스트 Description

MLH1 코딩 exons1-19,MSH2 코딩 exons1-16,MSH6 코딩 exons1-10,그리고 PMS2 코딩 exons1-15,그리고 잘 5’3’끝의 모든 인트론과 번역되지 않은 지역으로 분석 시퀀싱. 총 삭제/중복 분석은 MLH1,MSH2,MSH6 및 PMS2 의 모든 코딩 엑손과 EPCAM 의 코딩 엑손 9 에 대한 유전자 복사 수를 결정합니다. MSH2 유전자의 코딩 엑손 1-7 의 반전은 NGS 에 의해 검출되고 PCR 및 아가 로스 겔 전기 영동에 의해 확인된다. 5 개의 염기쌍을 초과하는 임상 적으로 유의 한 인트로닉 소견이 항상보고된다. 알려지지 않았거나 가능성이없는 임상 적 중요성의 인트로닉 변형은 스플 라이스 접합부에서 5 개의 염기쌍 이상으로보고되지 않았다. Genomic deoxyribonucleic acid(gDNA)는 표준화 된 방법론을 사용하여 환자의 표본에서 분리되고 정량화됩니다. 시퀀스의 농축 대상으로 코딩 exons 와 인접한 intronic 뉴클레오티드에 의해 수행되는 미끼를 캡처 방법론을 사용하여,긴 biotinylated 올리고뉴클레오타이드 프로브에 의해 따라 중합효소 연쇄 반응(PCR)및 차세대 시퀀싱(NGS). 생어 시퀀싱 수행을 위해 어떤 지역이 없거나 부족한 읽을 깊이 범위에 대한 신뢰할 수 있는 heterozygous 변형을 탐지합니다. 잠재적으로 homozygous 개,개에서는 지역에 의해 복잡 pseudogene 간섭,그리고 최 통화를 만족하지 않은 깊이의 범위 및 변종 대립 주파수 품질 기준을 확인에 의해 생어 시퀀싱. 총 삭제/복제 분석 MLH1,MSH2,MSH6 및 PMS2 를 사용하여 읽을 깊이에서 설정 데이터 및 EPCAM 를 사용하여 멀티플렉스 내고 종속 프로브 증폭(MLPA)도 수행합니다. NGS 에 의해 검출 된 임의의 카피 번호 변화는 표적화 된 염색체 마이크로 어레이 및/또는 MLPA 에 의해 확인된다. 는 경우 삭제되 exons13,14,15 의 PMS2,더블 좌초 시퀀싱의 적절한 exon(s)의 pseudogene,PMS2CL,를 수행하여 결정하는 경우에는 삭제에 위치한 PMS2 유전자 또는 pseudogene. EPCAM 의 엑손 9 에서 삭제가 검출되면,epcam 의 코딩 엑손 3 및 8 의 삭제/중복 분석이 수행 될 것이다. EPCAM 의 경우,유전자의 3’말단을 포괄하는 총 삭제 만보고됩니다.