descrierea testului

exonii de codificare MLH1 1-19, exonii de codificare MSH2 1-16, exonii de codificare MSH6 1-10 și exonii de codificare PMS2 1-15 și bine în capetele 5′ și 3′ ale tuturor intronilor și regiunilor netraduse sunt analizate prin secvențiere. Analiza brută de ștergere / duplicare determină numărul de copiere a genei pentru toți exonii de codificare ai MLH1, MSH2, MSH6 și PMS2 și codificarea exonului 9 al EPCAM. Inversarea exonilor codificatori 1-7 ai genei MSH2 este detectată de NGS și confirmată prin electroforeza pe gel PCR și agaroză. Sunt întotdeauna raportate rezultate intronice semnificative clinic peste 5 perechi de baze. Variantele intronice cu semnificație clinică necunoscută sau puțin probabilă nu sunt raportate mai mult de 5 perechi de baze de la joncțiunea de îmbinare. Acidul dezoxiribonucleic Genomic (gDNA) este izolat din specimenul pacientului folosind Metodologia standardizată și cuantificată. Îmbogățirea secvenței exonilor de codificare vizați și a nucleotidelor intronice adiacente se realizează printr-o metodologie de captare a momelii, folosind sonde oligonucleotidice biotinilate lungi urmate de reacția în lanț a polimerazei (PCR) și secvențierea următoarei generații (NGS). Secvențierea Sanger se efectuează pentru orice regiuni lipsă sau cu o acoperire insuficientă a adâncimii de citire pentru detectarea fiabilă a variantei heterozigote. Variantele potențial homozigote, variantele din regiunile complicate de interferența pseudogenă și apelurile variantelor care nu satisfac adâncimea de acoperire și pragurile de calitate a frecvenței alelelor variantei sunt verificate prin secvențierea Sanger. Analiza brută de ștergere / duplicare a MLH1, MSH2, MSH6 și PMS2 folosind adâncimea de citire din datele NGS și EPCAM folosind amplificarea sondei dependente de ligare multiplex (MLPA) este, de asemenea, efectuată. Orice modificare a numărului de copii detectată de NGS este confirmată de microarray cromozomial vizat și / sau MLPA. Dacă se detectează o deleție în exonii 13, 14 sau 15 ai PMS2, se va efectua secvențierea dublă catenară a exonului(exonilor) corespunzător (corespunzători) ai pseudogenului, PMS2CL, pentru a determina dacă deleția este localizată în gena PMS2 sau pseudogena. Dacă se detectează o ștergere în exonul 9 al EPCAM, se va efectua analiza de ștergere/duplicare a codificării exonilor 3 și 8 AI EPCAM. Pentru EPCAM, sunt raportate numai ștergeri brute care cuprind capătul 3′ al genei.