un medicament poate fi considerat toxic prin faptul că înlocuiește ligandul natural pentru un receptor. Un obiectiv în proiectarea medicamentului este dezvoltă o moleculă care este selectivă pentru un anumit receptor situat pe un organ sau țesut țintă specific. Prin urmare, o moleculă ideală biologic activă va produce un răspuns farmacologic specific fără a provoca reacții adverse. Există cel puțin patru moduri de a îmbunătăți selectivitatea unui medicament. Aceste metodologii se bazează pe biochimia bolii sau biochimia receptorului medicamentului, distribuția inegală a medicamentului, diferențele în structura celulei țintă și proprietățile stereochimice ale medicamentului. Clasele farmacologice diferă în ceea ce privește capacitatea lor de a arăta selectivitate. Agenții chimioterapeutici ai cancerului prezintă, în general, o selectivitate slabă, în timp ce inhibitorii fosfodiesterazei pot fi selectivi pentru o izoformă enzimatică specifică. Majoritatea antibioticelor bacteriene prezintă o toxicitate selectivă excelentă pentru bacterii, cu reacții adverse grave minime experimentate de pacient. În schimb, medicamentele antivirale și antifungice pot produce reacții nedorite la pacienți. Anticorpii monoclonali prezintă o specificitate excelentă antigen-anticorp, dar pot perturba răspunsul imun normal. Antihistaminicele nesedante se distribuie mai puțin la sistemul nervos central în raport cu prima generație de antihistaminice. Inhibitorii inițial inactivi ai pompei de protoni se distribuie ușor într-un spațiu extracelular cu aciditate ridicată care îi transformă în medicamentul activ. Pentru a îmbunătăți acceptarea pacientului, un obiectiv important este de a proiecta medicamentul astfel încât să fie transportat la receptorul dorit și să ignore alte site-uri.