Nach der Regie des Melodramas In This Our Life (1942) konnte Huston sein nächstes Projekt, the high-seas espionage tale Across the Pacific (1942), nicht abschließen, da er eingezogen wurde. Für die U.S. Huston führte Regie und erzählte die berühmten Dokumentarfilme Report from the Aleutians aus dem Zweiten Weltkrieg (1943), The Battle of San Pietro (1945) und Let There Be Light, the last eine beunruhigende Studie über emotional instabile Veteranen in einem Krankenhaus auf Long Island, das so mächtig war, dass es erst Anfang der 1980er Jahre veröffentlicht wurde. Huston wurde 1945 mit dem Rang eines Majors aus der Armee entlassen und erhielt die Legion of Merit für seine Filme unter gefährlichen Kampfbedingungen.Zurück in den USA arbeitete er an den Drehbüchern für Robert Siodmaks The Killers und Orson Welles‘ The Stranger (beide 1946). Huston führte 1946 auch Regie bei Jean-Paul Sartres No Exit am Broadway. Als sich das House Un-American Activities Committee (HUAC) 1947 auf seine erste Anhörungswelle zu den früheren oder gegenwärtigen kommunistischen Zugehörigkeiten der Hollywood-Community vorbereitete, gründete Huston zusammen mit dem Regisseur William Wyler und dem Drehbuchautor Philip Dunne das Komitee für den Ersten Verfassungszusatz. Huston war Teil einer Delegation von Industrieliberalen – darunter Bogart und Lauren Bacall —, die nach Washington, DC, flogen, um die Zeugen zu unterstützen, die eine konfrontative Haltung eingenommen hatten, als sie vor dem HUAC aussagen mussten. Wie andere Mitglieder der Delegation wurde Huston jedoch durch die aggressive Kriegführung der „unfreundlichen“ Zeugen, die als Hollywood Ten bekannt wurden, abgeschreckt, obwohl er vom gesamten Verfahren angewidert blieb.

Der Schatz der Sierra Madre (1948) war Hustons Rückkehr zur Filmregie in Hollywood. Adaptiert von Huston aus einem obskuren Roman des mysteriösen, zurückgezogenen Schriftstellers B.. Traven und vor Ort in Mexiko gedreht, Es spielte Bogart in der entschieden unheroischen Rolle eines paranoiden Prospektors, Fred C.. Dobbs. So gut Bogart Dobbs ‚Abstieg in den Wahnsinn darstellte, glaubten die meisten Kritiker, dass er von Walter Huston als der ergraute, kluge Howard, der vergeblich versucht, die Gier davon abzuhalten, die kleine schatzsuchende Band zu verzehren, überspielt wurde. (Dies war das erste Mal, dass Huston seinen Vater in einer Hauptrolle besetzt hatte, obwohl er in unbilligen Kameen in The Maltese Falcon und In This Our Life aufgetreten war. Obwohl der Schatz der Sierra Madre zu einem der größten kritischen Triumphe von Huston werden würde und weiterhin weithin als einer der besten Filme seiner Zeit angesehen wird, war es eine Kassenkatastrophe, vielleicht wegen seines düsteren Endes und des gewagten Castings von Bogart gegen Type. Dennoch wurde der Film für einen Oscar für den besten Film nominiert, Huston gewann die Preise für den besten Regisseur und das beste Drehbuch und sein Vater wurde zum besten Nebendarsteller ernannt.

Bogart, Bacall, Edward G. Robinson, Lionel Barrymore und Claire Trevor spielten in Hustons nächstem Film Key Largo (1948), einer spannenden Adaption eines Maxwell Anderson-Stücks, das als klassischer Film Noir gilt. Nach einem Drehbuch von Huston und Richard Brooks spielt es in einem kleinen Hotel auf den Florida Keys, das von einem Gangster (Robinson) übernommen wird, der heimlich von der Deportation nach Kuba zurückgekehrt ist. Trevor gewann den Oscar als beste Nebendarstellerin für ihre Darstellung der Geliebten des Gangsters. Kuba war dann der Schauplatz für Wir waren Fremde (1949), ein atmosphärischer Bericht über den Versuch der Revolutionäre, die Regierung zu stürzen, in dem Jennifer Jones und John Garfield die Hauptrolle spielten.