testin kuvaus

Mlh1 koodaavat eksonit 1-19, MSH2 koodaavat eksonit 1-16, MSH6 koodaavat eksonit 1-10 ja PMS2 koodaavat eksonit 1-15, ja kaikki intronit ja transloitumattomat alueet analysoidaan sekvensoimalla. Brutto poisto / päällekkäisyys analyysi määrittää geenikopion numero kaikille koodaus eksonit mlh1, MSH2, MSH6, ja PMS2, ja koodaus exon 9 epcam. Msh2-geenin koodaavien eksonien 1-7 inversio havaitaan NGS: llä ja vahvistetaan PCR: llä ja agaroosigeelielektroforeesilla. Kliinisesti merkittäviä intronisia löydöksiä, jotka ylittävät 5 emäsparia, raportoidaan aina. Intronimuunnoksia, joiden kliinistä merkitystä ei tunneta tai jotka eivät todennäköisesti ole merkittäviä, ei raportoida yli 5 emäsparia liitosliitoksesta. Genominen deoksiribonukleiinihappo (gDNA) eristetään potilaan näytteestä standardoidulla menetelmällä ja kvantifioidaan. Kohdennettujen koodauseksonien ja niiden viereisten introninukleotidien sekvenssirikastus suoritetaan syöttien talteenottomenetelmällä käyttäen pitkiä biotinyloituja oligonukleotidikoettimia, joita seuraa polymeraasiketjureaktio (PCR) ja seuraavan sukupolven sekvensointi (NGS). Sanger-sekvensointi suoritetaan kaikille alueille, jotka puuttuvat tai joiden lukusyvyys ei ole riittävä luotettavan heterotsygoottisen muunnoksen havaitsemiseksi. Mahdollisesti homotsygoottiset variantit, pseudogeeni-interferenssin hankaloittamien alueiden variantit ja variantti-puhelut, jotka eivät täytä peittosyvyyttä ja variantti-alleelitaajuuden laatukynnyksiä, todennetaan Sanger-sekvensoinnilla. Mlh1: n, MSH2: n, MSH6: n ja PMS2: n brutto-poisto-/monistusanalyysi suoritetaan myös NGS-tietojen lukusyvyyden ja EPCAM: n multiplex-ligaatiosta riippuvan koettimen vahvistuksen (mlpa) avulla. Kaikki NGS: n havaitsemat kopionumeromuutokset vahvistetaan kohdennetulla kromosomimikroarraylla ja / tai MLPA: lla. Jos pms2: n eksoneissa 13, 14 tai 15 havaitaan deleetio, suoritetaan pseudogeenin eksonien, PMS2CL, kaksijuosteinen sekvensointi sen määrittämiseksi, sijaitseeko deleetio pms2-geenissä vai pseudogeenissä. Jos epcam: n eksonissa 9 havaitaan poisto, epcam: n koodaus eksonien 3 ja 8 poisto/monistusanalyysi suoritetaan. Epcam: n osalta raportoidaan vain bruttomaiset deleetiot, jotka kattavat geenin 3′ – pään.