geeni on perinnöllisen informaation yksikkö. Joitakin viruksia lukuun ottamatta geenit koostuvat DNA: sta, monimutkaisesta molekyylistä, joka koodaa geneettistä informaatiota periytyvien piirteiden välittämiseksi. Alleelit ovat myös geneettisiä sekvenssejä, ja nekin koodaavat ominaisuuksien välittämistä. Mikä geenin ja alleelin ero on?

lyhyt vastaus on, että alleeli on geenin muunnosmuoto. Yksityiskohtaisemmin selitetään, että jokainen geeni sijaitsee tietyssä lokuksessa (kromosomissa) kahtena kappaleena, yksi kopio kummaltakin vanhemmalta peritystä geenistä. Kopiot eivät kuitenkaan välttämättä ole samoja. Kun geenin kopiot eroavat toisistaan, niitä kutsutaan alleeleiksi. Tietyllä geenillä voi olla useita erilaisia alleeleita, joskin geenin lokuksessa on vain kaksi alleelia.

alleelit voivat joskus aiheuttaa erilaisia fenotyyppejä (havaittavia piirteitä), jolloin tietyt alleelit ovat dominoivia (ohittaen muiden alleelien Ominaisuudet) tai joissakin tapauksissa useita alleeleita, jotka vaikuttavat codominanttimaisesti. Esimerkki jälkimmäisestä on ihmisen ABO-veriryhmäjärjestelmä, jossa AB-veriryhmän henkilöillä on yksi alleeli A: lle ja yksi B: lle (henkilöt, joilla ei ole kumpaakaan alleelia, ovat tyyppiä O). Esimerkki dominoivasta alleeliilmaisusta on hernekasveissa esiintyvä Kukkien väri. Purppurakukkaisella kasvilla on itse asiassa genotyyppi (perimä), joka koostuu geenistä, jolla on dominoiva P ja resessiivinen p-alleeli.