mint minden műtét, a HoLEP eljárás nem mentes a kockázatok és mellékhatások. A leggyakoribb mellékhatások az átmeneti enyhe égés, a vizelés gyakorisága és a sürgősség. Dr. Walsh szükség esetén antibiotikumokat írhat fel,vagy fertőzés esetén. Időnként a férfiak vizeletinkontinenciát tapasztalnak, amely általában hat héten belül megszűnik, és javítható a medencefenék-gyakorlatokkal (a műtét előtt tanított). Szükség esetén párnát lehet viselni, de a párnák szükségessége három hónap után ritka (a betegek kevesebb mint két százaléka, akik ezt az eljárást végzik).

előfordulhat, hogy egyes betegek átmeneti duzzanat miatt nem tudnak vizeletet adni az eljárás után, és katétert igényelnek, amíg a duzzanat meg nem oldódik, és a hólyag visszanyeri normális működését. Ezt az ideiglenes katétert általában csak egy nappal a műtét után sikeresen eltávolítják. Amint fentebb említettük, az időszakos vérzés az eljárás után néhány hétig folytatódhat. Ritkán előfordulhat, hogy a betegek hirtelen nehezen jutnak el a vizelettel, súlyos vérzéssel vagy vérrögök áthaladásával, amelyek újbóli kezelést igényelhetnek. Nagyon ritkán ismételt kezelésre vagy további műtétre lehet szükség, ha prosztata regrowth, tartós inkontinencia, visszatartott szövetfragmensek lépnek fel a húgyhólyagban és/vagy a húgyhólyag perforációja következik be.

lehetséges, hogy a betegek később gyengébbek vagy ritkán nem erekcióban szenvednek, de a prosztata eltávolítása nem befolyásolhatja negatívan az erekció képességét, ha az eljárás előtt normális erekció van. A prosztata műtét után gyakori, hogy a férfiak orgazmus közben már nem tudják ejakulálni a spermát, mert a sperma hajlamos visszatérni a hólyagba. Ez a változás nem kényelmetlen vagy káros, de jelentős hatással lehet a termékenységre, ha azt reméli, hogy a jövőben gyermekeket fog szülni. A legtöbb férfi arról számol be, hogy az orgazmus továbbra is kellemes.