Tesztleírás

MLH1 kódoló exonok 1-19, MSH2 kódoló exonok 1-16, MSH6 kódoló exonok 1-10, és PMS2 kódoló exonok 1-15, valamint az összes intronok és nem fordított régiók 5 “és 3” végeit szekvenálással elemezzük. A bruttó törlés/duplikáció elemzés meghatározza az MLH1, MSH2, MSH6 és PMS2 összes kódoló exonjának génmásolati számát, valamint az EPCAM exon 9 kódolását. Az MSH2 gén 1-7-es kódoló exonjainak inverzióját az NGS detektálja, és PCR és agaróz gélelektroforézissel igazolja. Az 5 bázispáron túli, klinikailag jelentős intronikus leletekről mindig beszámolnak. Ismeretlen vagy valószínűtlen klinikai jelentőséggel bíró Intronic variánsokról nem számoltak be a splice junction 5 bázispárján túl. A genomiális dezoxiribonukleinsavat (gDNA) standardizált módszertan alkalmazásával izolálják a beteg mintájából, és számszerűsítik. A célzott kódoló exonok és a szomszédos Intron nukleotidok szekvenciadúsítását csali-befogási módszerrel végezzük, hosszú biotinilált oligonukleotid-szondák alkalmazásával, amelyeket polimeráz láncreakció (PCR) és következő generációs szekvenálás (NGS) követ. Sanger-szekvenálással végzett bármely régiók hiányzó vagy elégtelen olvasni alapos lefedettség a megbízható heterozigóta változat érzékelés. A potenciálisan homozigóta variánsokat, a pszeudogén interferenciával bonyolult régiókban lévő variánsokat, valamint a lefedettség mélységét nem kielégítő variánshívásokat és a variáns allélfrekvencia-minőségi küszöbértékeket Sanger szekvenálással ellenőrzik. Az MLH1, MSH2, MSH6 és pms2 bruttó törlési/duplikációs analízise az NGS-adatokból és az EPCAM-ból származó olvasási mélység segítségével, multiplex ligációfüggő szonda amplifikációval (MLPA) is elvégezhető. Az NGS által észlelt bármely másolási számváltozást célzott kromoszóma mikroarray és / vagy MLPA igazolja. Ha a pms2 13., 14. vagy 15. exonjaiban deléciót észlelnek, akkor a pszeudogén, a pms2cl megfelelő exon(ok) kettős szálú szekvenálását kell elvégezni annak meghatározására, hogy a deléció a pms2 génben vagy a pszeudogénben található-e. Ha az EPCAM exon 9-ben törlést észlelnek, az EPCAM 3. és 8. kódolású exonok törlési/duplikációs elemzését kell elvégezni. Az EPCAM esetében csak a gén 3′ végét felölelő bruttó törléseket jelentik.