間葉系結合組織には、未分化細胞と細胞外マトリックスの割合が高い。 それは間葉系細胞として知られている細胞の未分化の側面によって他の結合組織と明確に区別されるが、胚発生中の弾性線維およびコラーゲン線維の欠如によっても区別される。 その後、いくつかのコラーゲンと弾性繊維は、この組織で見つけることができます。 細胞は散在しており、互いに接触する薄くて長い細胞質突起を送る。 核は、陥入核包絡線を有する形状で丸みを帯びている。 核小体は通常はっきりと見える。 有糸分裂像も観察される。 胚では、間葉系組織は、細胞外マトリックスの基底物質（プロテオグリカン、グリコサミノグリカン、および糖タンパク質）の重要性のために最初は流動性であるが、細胞外マトリックスの線維部分（コラーゲン、弾性繊維、網状繊維）は、発達中に徐々に増加する。

この組織は胚性結合組織とみなすことができますが、成人のいくつかの器官にも存在します。 胚発生の間に、軟骨、骨、血液およびリンパ系、ならびに結合固有のものが間葉系結合組織から発達する。 平滑筋でさえ、この組織から区別することができる。