Som med alle operasjoner, Er HoLEP-prosedyren ikke uten risiko og bivirkninger. De vanligste bivirkningene er midlertidig mild brenning, hyppighet av vannlating og haster. Dr. Walsh kan foreskrive antibiotika om nødvendig eller hvis en infeksjon oppstår. Noen ganger opplever menn urininkontinens, som vanligvis løses innen seks uker og kan forbedres med bekkenbunnsøvelser (undervist før operasjonen). En pute kan brukes om nødvendig, men behovet for pads etter tre måneder er sjelden (mindre enn to prosent av pasientene som gjennomgår denne prosedyren).

Noen pasienter kan ikke passere urin etter prosedyren på grunn av midlertidig hevelse og vil kreve et kateter til hevelsen går tilbake og blæren gjenvinner sin normale funksjon. Dette midlertidige kateteret blir vanligvis fjernet bare en dag etter operasjonen. Som diskutert ovenfor kan intermitterende blødning fortsette i flere uker etter prosedyren. I sjeldne tilfeller kan pasienter oppleve plutselige problemer med vannlating, alvorlig blødning, eller passasje av blodpropp som kan kreve rehospitalization. I svært sjeldne tilfeller kan det være nødvendig å utføre gjentatt behandling eller ytterligere kirurgi hvis prostata gjenvekst, vedvarende inkontinens, beholdte vevsfragmenter i blæren og/eller perforering av blæren oppstår.Det er mulig for pasienter å oppleve svakere eller sjelden ingen ereksjon etterpå, men fjerning av prostata bør ikke negativt påvirke din evne til å få ereksjon hvis du har normale ereksjoner før prosedyren. Etter prostata kirurgi er det vanlig at menn ikke lenger kan ejakulere sæd under orgasme fordi sæden vil ha en tendens til å reise tilbake i blæren. Denne endringen er ikke ubehagelig eller skadelig, men kan ha en betydelig innvirkning på fruktbarheten hvis du håper å bli far i fremtiden. De fleste menn rapporterer at orgasmer fortsetter å være behagelige.