prosessen med å formulere en diagnose kalles klinisk beslutningstaking. Klinikeren bruker informasjonen samlet fra medisinsk historie og fysiske og mentale undersøkelser for å utvikle en liste over mulige årsaker til lidelsen, kalt differensialdiagnosen. Klinikeren bestemmer deretter hvilke tester som skal bestilles for å bidra til å avgrense listen eller identifisere den spesifikke sykdommen som er ansvarlig for pasientens klager. Under denne prosessen vil noen mulige sykdommer bli kassert og nye lagt til som tester enten bekrefte eller nekte muligheten for at en gitt sykdom er tilstede. Listen er raffinert til legen føler seg berettiget til å gå videre til behandling. Selv etter at behandlingen er påbegynt, kan listen over mulige diagnoser bli revidert ytterligere dersom pasienten ikke utvikler seg som forventet.

hypotesene er rangert med den mest sannsynlige sykdommen plassert først. Imidlertid er noen ganger en mindre sannsynlig sykdom adressert først fordi den er mer livstruende og kan føre til alvorlige konsekvenser hvis den ikke behandles raskt. Etter dette kurset vil muligheten for hjerteinfarkt elimineres først hos en pasient som opplever brystsmerter, og blindtarmbetennelse vil være den første tilstanden som skal behandles hos et barn med magesmerter, selv om en mindre alvorlig sykdom er mer sannsynlig.

en algoritme er en sekvens av alternative trinn som kan tas for å løse problemer-det vil si et beslutningstre. Starter med en sjef klage eller nøkkel ledetråd, legen beveger seg langs denne avgjørelsen treet, rettet en av to måter ved hver ny opplysning, og eliminerer diagnoser. Hvis feil vei er tatt, går legen tilbake til et tidligere forgreningspunkt og følger den andre banen. Datamaskiner kan brukes til å bistå i å gjøre diagnosen; men mangler de intuisjon av en erfaren lege og ikke-verbale diagnostiske ledetråder innhentet under intervjuet.

Diagnostiske tester viser sjelden forekomst av en sykdom uten tvil. Jo større følsomheten og spesifisiteten til testen, desto mer nyttig vil det være. Bestilling av for mange tester utgjør betydelig fare, ikke bare på grunn av lav kostnadseffektivitet, men også fordi et feilaktig unormalt testresultat krever en ytterligere serie tester for å bevise eller motbevise nøyaktigheten. Denne videre testing kan innebære ekstra ubehag, risiko og kostnader for pasienten, noe som er spesielt uheldig hvis testene ikke trenger å ha blitt bestilt i første omgang. Det er like viktig å vite når du ikke skal bestille en test som å vite hvilke tester du skal bestille.

et viktig trekk ved klinisk beslutningstaking er det pågående forholdet mellom legen og pasienten. Kunnskapen en lege får i omsorg for pasienten i lang tid kan gi større innsikt i sannsynligheten for at en gitt sykdom er til stede. Når symptomene er forårsaket av følelsesmessige faktorer, er den kjente personlige legen mer sannsynlig å nøyaktig diagnostisere dem enn en lege som ser pasienten for første gang. Også en lang og tillitsfull tilknytning til en lege vil ofte positivt påvirke pasientens utfall. Dermed er sporadiske besøk til akuttmottaket på et sykehus, hvor leger som ikke er kjent med pasienten, blir bedt om å gi diagnoser og behandling uten fordel for dette partnerskapet, mer sannsynlig å være ineffektive, dyre og mindre personlig tilfredsstillende.

Tidlig i sykdomsforløpet må beslutninger fattes med færre ledetråder til diagnosen enn det som sannsynligvis vil være tilgjengelig senere. En av de vanskeligste oppgavene i medisin er å skille, i de tidlige stadiene av en sykdom, de alvorlige og livstruende sykdommene fra de forbigående og mindre. Mange sykdommer vil løse uten en diagnose noen gang blir nådd. Likevel kan en sykdom forbli udiagnostisert i måneder eller år før nye symptomer vises og sykdommen utvikler seg til et stadium som tillater diagnose. Et eksempel er multippel sklerose, som kan presentere med noe mer enn forbigående tåkesyn og kan ta år før andre, mer spesifikke symptomer vises.Pasienter har ofte utifferentierte klager som kan representere en uvanlig alvorlig lidelse eller en vanlig, men ikke veldig alvorlig lidelse. For eksempel kan en pasient oppleve tretthet. Avhengig av pasientens familiehistorie og personlig bakgrunn, kan legen først tenke på depresjon og neste av anemi sekundært til gastrointestinal blødning. En rekke mindre sannsynlige lidelser vil følge. Anemi er lett å utelukke med billige hemoglobin-og hematokrittester. Disse testene bør bestilles selv om depresjon er riktig diagnose, fordi anemi kan bidra til tretthet og bør behandles også. Depresjon kan diagnostiseres med passende spørsmål, og en fysisk undersøkelse kan eliminere mange andre diagnostiske muligheter.