Test Beskrivelse

MLH1 koding eksoner 1-19, MSH2 koding eksoner 1-16, MSH6 koding eksoner 1-10, OG PMS2 koding eksoner 1-15, og godt inn i 5 ‘og 3′ endene av alle introner og utranslated regioner blir analysert ved sekvensering. Brutto sletting / duplisering analyse bestemmer gen kopi nummer for alle koding eksoner AV MLH1, MSH2, MSH6, OG PMS2, og koding ekson 9 AV EPCAM. Inversjonen av kodende eksoner 1-7 AV msh2-genet oppdages AV NGS og bekreftes av PCR og agarose gelelektroforese. Klinisk signifikante introniske funn utover 5 basepar er alltid rapportert. Introniske varianter av ukjent eller usannsynlig klinisk betydning er ikke rapportert utover 5 basepar fra skjøtekrysset. Genomisk deoksyribonukleinsyre (gDNA) isoleres fra pasientens prøve ved hjelp av standardisert metodikk og kvantifisert. Sekvensanrikning av de målrettede kodende eksonene og tilstøtende introniske nukleotider utføres ved hjelp av agnfangstmetodikk ved bruk av lange biotinylerte oligonukleotidprober etterfulgt av polymerasekjedereaksjon (PCR) og neste generasjons sekvensering (NGS). Sanger sekvensering utføres for alle regioner mangler eller med utilstrekkelig lesedybde dekning for pålitelig heterozygot variant deteksjon. Potensielt homozygote varianter, varianter i regioner komplisert av pseudogeninterferens, og variantkall som ikke tilfredsstiller dekningsdybde og variantallelfrekvenskvalitetsterskler verifiseres ved Sanger-sekvensering. Brutto sletting / duplisering analyse AV MLH1, MSH2, MSH6, OG PMS2 ved hjelp av lesedybde FRA ngs data OG EPCAM bruker multiplex ligation-avhengig sonde forsterkning (MLPA) er også utført. Enhver kopi nummer endringer oppdaget AV NGS er bekreftet av målrettet chromosomal microarray og / ELLER MLPA. Hvis en sletting oppdages i eksoner 13, 14 eller 15 AV PMS2, vil dobbeltstrenget sekvensering av passende eksoner av pseudogen, PMS2CL, bli utført for å avgjøre om slettingen befinner seg i pms2-genet eller pseudogen. Hvis en sletting oppdages i exon 9 AV EPCAM, vil sletting/duplisering analyse av koding exons 3 og 8 AV EPCAM bli utført. FOR EPCAM rapporteres bare brutto slettinger som omfatter 3’ enden av genet.