Test Description

MLH1 codering exons 1-19, msh2 codering exons 1-16, msh6 codering exons 1-10, en PMS2 codering exons 1-15, en tot ver in de 5′ en 3 ‘uiteinden van alle introns en onvertaalde regio’ s worden geanalyseerd door sequencing. De analyse van de grove schrapping/duplicatie bepaalt het aantal genexemplaren voor alle codage-exons van MLH1, MSH2, MSH6, en PMS2, en codage-exon 9 van EPCAM. De inversie van codage-exons 1-7 van het msh2-gen wordt gedetecteerd door NGS en bevestigd door PCR-en agarosegelelektroforese. Klinisch significante intronische bevindingen buiten 5 basisparen worden altijd gerapporteerd. Intronische varianten van onbekende of onwaarschijnlijke klinische significantie worden niet gerapporteerd na 5 basenparen vanaf de splice junction. Genomic deoxyribonucleic zuur (gDNA) wordt geà soleerd van het specimen van de patiënt gebruikend gestandaardiseerde methodologie en gekwantificeerd. De opeenvolgingsverrijking van de gerichte codeerexonen en aangrenzende intronic nucleotiden wordt uitgevoerd door een aas-vangst methodologie, gebruikend lange gebiotinyleerde oligonucleotidesondes die door polymerasekettingreactie (PCR) en volgende generatie het rangschikken (NGS) worden gevolgd. Het rangschikken van Sanger wordt uitgevoerd voor om het even welke gebieden die of met onvoldoende gelezen dieptedekking voor betrouwbare heterozygote variantopsporing ontbreken. Potentieel homozygote varianten, varianten in gebieden die door pseudogene interferentie worden gecompliceerd, en variantroepen die diepte van dekking niet tevredenstellen en de kwaliteitsdrempels van de variantalelfrequentie worden geverifieerd door sanger te rangschikken. De grove schrapping / duplicatie analyse van MLH1, MSH2, MSH6, en PMS2 gebruikend lees-diepte van NGS gegevens en EPCAM gebruikend multiplex ligation-afhankelijke sondeversterking (MLPA) wordt ook uitgevoerd. Om het even welke veranderingen van het exemplaaraantal die door NGS worden ontdekt worden bevestigd door gerichte chromosomale microarray en/of MLPA. Als een deletie wordt gedetecteerd in exons 13, 14 of 15 van PMS2, wordt een dubbele sequencing van de juiste exon(s) van het pseudogeen, PMS2CL, uitgevoerd om te bepalen of de deletie zich in het PMS2-gen of pseudogeen bevindt. Als een schrapping wordt gedetecteerd in exon 9 van EPCAM, schrapping / duplicatie analyse van codering exons 3 en 8 van EPCAM zal worden uitgevoerd. Voor EPCAM worden alleen grove schrappingen gerapporteerd die het 3′ – eind van het gen omvatten.