missie San Francisco de Solano markeert het einde van het missiespoor. Deze eenentwintigste en laatste missie werd opgericht op 4 juli 1823 in wat nu de stad Sonoma is. Toen de Franciscaanse Paters deze meest noordelijke missie oprichtten, culmineerde het driehonderd jaar Spaans-Mexicaanse nederzetting in Californië, die dateert uit 1523. Missie San Francisco Solano was de enige missie opgericht na de onafhankelijkheid van Mexico van Spanje, en de enige missie opgericht zonder voorafgaande goedkeuring van de kerk.Mission Solano was het geesteskind van Pater José Altimira, die tijdens zijn werk bij Mission San Francisco de Asís ontevreden werd en besloot zijn eigen missie te beginnen. Na toestemming van de Californische Govenor Don Luis Arguello, werd een plan gemaakt om de missie San Francisco de Asís en San Rafael te sluiten, en goederen en missie Indianen over te brengen naar het nieuwe missiecomplex in Solano. Tijdens het bouwen van Mission Solano bleven de arbeiders in deze houten barakken, wachtend op de permanente missie van adobe. Toch wordt de bouw tijdelijk stilgelegd door een bevel van Pater Presidente de Sarria, aangezien velen in het bisdom het tijdperk van de missie tot een einde voelen komen. Het werk werd vervolgens toegestaan om te worden afgerond op de missie toen werd overeengekomen dat de missie San Francisco de Asís en de missie San Rafael niet zouden worden gesloten.Mission Solano ligt tegenover de militaire kazerne van Sonoma, gebouwd in 1836 door generaal Vallejo. Het is hier waar de eerste berenvlag boven Californië werd gehesen op 14 juli 1846, waarmee Californië een republiek werd uitgeroepen en de onafhankelijkheid van Mexico werd uitgeroepen.de kerk van Mission Solano werd gebouwd in 1841 ter vervanging van het oorspronkelijke gebouw dat was ingestort. Een gebrek aan geld verhinderde de vaders om deze missiekerk te creëren op de uitgebreide manier die ze gewend waren in Europa. Het oog boven het altaar wordt aangeduid als “het oog van de hemel”, waarvan de vaders zeiden dat God een waakzaam oog op de kerk te houden. In de kerk is een portret van deze missies patroonheilige, Francis Solano, een missionaris van de Peruaanse missies.de aardbeving van 1906 verwoestte de missie, maar werd hersteld door de toegewijde inspanningen van groepen als de Historic Landmarks League. De erfenis van de Californische missies leeft op een missie Solano zoals in de rest van deze historische keten.