Misja San Francisco de Solano wyznacza koniec szlaku misji. Ta dwudziesta pierwsza i Ostatnia misja została założona 4 lipca 1823 roku na terenie dzisiejszego miasta Sonoma. Kiedy ojcowie Franciszkanie wznieśli tę Północną misję, zakończyła się trzysta lat hiszpańsko-meksykańskiego osadnictwa w Kalifornii, które datuje się na rok 1523. Misja San Francisco Solano była jedyną misją założoną po uzyskaniu przez Meksyk niepodległości od Hiszpanii i jedyną misją założoną bez uprzedniej zgody kościoła.

Mission Solano był mózgiem Ojca José Altimiry, który pracując w pobliskiej misji San Francisco de Asís, stał się niezadowolony i postanowił rozpocząć własną misję. Po otrzymaniu zgody od Kalifornijskiego Govenora Don Luisa Arguello powstał plan zamknięcia misji San Francisco de Asís i San Rafael oraz przeniesienia towarów i misji Indian do nowego kompleksu misyjnego w Solano. Podczas budowy misji Solano robotnicy przebywali w tych drewnianych barakach, czekając na zbudowanie stałej misji z adobe. Jednak budowa została tymczasowo wstrzymana na rozkaz Ojca Presidente de Sarria, ponieważ wielu w diecezji uważało, że era misji dobiega końca. Następnie pozwolono na ukończenie misji, gdy uzgodniono, że Misja San Francisco de Asís i Misja San Rafael nie zostaną zamknięte.

Mission Solano znajduje się po drugiej stronie ulicy od koszar wojskowych Sonoma, zbudowanych w 1836 roku przez generała Vallejo. To tutaj 14 lipca 1846 roku wywieszono pierwszą niedźwiedzią flagę nad Kalifornią, ogłaszając Kalifornię Republiką, jednocześnie ogłaszając niepodległość od Meksyku.

kościół w Mission Solano został zbudowany w 1841 roku, aby zastąpić pierwotną konstrukcję, która się zawaliła. Brak pieniędzy uniemożliwił ojcom stworzenie tego kościoła misyjnego w wyszukany sposób, do jakiego byli przyzwyczajeni w Europie. Oko nad ołtarzem jest określane jako „oko nieba”, które ojcowie powiedzieli, że pozwolili Bogu mieć czujne oko na kościół. Wewnątrz kościoła znajduje się portret patrona misji, Franciszka Solano, misjonarza misji peruwiańskich.

trzęsienie ziemi z 1906 r.zniszczyło misję, tylko po to, aby ją odrestaurować dzięki zaangażowanym staraniom grup takich jak Liga zabytków historycznych. Dziedzictwo misji kalifornijskich żyje w misji Solano, podobnie jak w pozostałej części tego historycznego łańcucha.