en gen är en enhet av ärftlig information. Förutom i vissa virus består gener av DNA, en komplex molekyl som kodar genetisk information för överföring av ärftliga egenskaper. Alleler är också genetiska sekvenser, och de kodar också för överföring av egenskaper. Så, vad är skillnaden mellan en gen och en allel?

det korta svaret är att en allel är en variantform av en gen. Förklaras mer detaljerat, varje gen bor på ett specifikt locus (plats på en kromosom) i två kopior, en kopia av genen som ärvts från varje förälder. Kopiorna är dock inte nödvändigtvis desamma. När kopiorna av en gen skiljer sig från varandra är de kända som alleler. En given gen kan ha flera olika alleler, men endast två alleler är närvarande vid genens locus hos någon individ.

alleler kan ibland resultera i olika fenotyper (observerbara egenskaper), där vissa alleler är dominerande (överväger egenskaperna hos andra alleler) eller i vissa fall flera alleler som verkar på ett kodominant sätt. Ett exempel på det senare är det mänskliga ABO – blodgruppssystemet, där personer med typ AB-blod har en allel för A och en för B (personer med varken allel är typ O). Ett exempel på dominerande alleluttryck är blomfärg i ärtplantor. En växt med lila blommor har faktiskt en genotyp (genetisk smink) som består av en gen med en dominerande P och en recessiv p-allel.