mesenkymaalinen sidekudos sisältää erilaistumattomia soluja ja suuren osan solunulkoista matriisia. Sen erottaa muista sidekudoksista selvästi sen solujen erilaistumattomuus, jota kutsutaan mesenkyymisoluiksi, mutta myös elastisten ja kollageenisäikeiden puuttuminen alkionkehityksen aikana. Myöhemmin kudoksesta löytyy jonkin verran kollageenia ja elastisia kuituja. Solut ovat hajallaan ja lähettävät ohuita ja pitkiä sytoplasmamaisia ulokkeita, jotka tekevät kontakteja keskenään. Ydin on muodoltaan pyöreä, jossa on sisäänvedetty ydinkuori. Nukleolus on yleensä selvästi näkyvissä. Myös mitoottisia lukuja havaitaan. Alkiossa mesenkymaalinen kudos on aluksi nestettä solunulkoisen matriisin maaaineen (proteoglykaanit, glykosaminoglykaanit ja glykoproteiinit) merkityksen vuoksi, mutta solunulkoisen matriisin kuitumainen osa (kollageeni, elastiset kuidut, retikulaariset kuidut) kasvaa asteittain kehityksen aikana.

tätä kudosta voidaan pitää alkion sidekudoksena, vaikka sitä on myös joissakin aikuisten elimissä. Alkionkehityksen aikana mesenkymaalisesta sidekudoksesta kehittyvät rusto, luu, veri ja imunestejärjestelmä sekä varsinaiset sidekudokset. Sileäkin lihas voidaan erottaa tästä kudoksesta.