Dopo aver diretto il melodramma In This Our Life (1942), Huston non fu in grado di completare il suo prossimo progetto, the high-seas spionage tale Across the Pacific (1942), perché fu arruolato. Per gli Stati Uniti. Esercito Pittorica di Servizio, Huston, diretto e narrato di fama Mondiale, II Guerra documentari Relazione Aleutine (1943), La Battaglia di San Pietro (1945), e Sia la Luce, l’ultimo di un inquietante studio di emotivamente instabile veterani in un Long Island hospital, che era così potente che non è stato dato un rilascio pubblico fino ai primi anni 1980. Huston è stato congedato dall’esercito nel 1945, con il grado di maggiore e premiato con la Legion of Merit per fare i suoi film sotto difficili condizioni di battaglia.

Tornato negli Stati Uniti, lavorò alle sceneggiature di The Killers di Robert Siodmak e The Stranger di Orson Welles (entrambi del 1946). Huston diresse anche No Exit di Jean-Paul Sartre a Broadway nel 1946. Nel 1947, mentre la House Un-American Activities Committee (HUAC) si preparava per la sua ondata iniziale di audizioni sulle affiliazioni comuniste passate o presenti della comunità di Hollywood, Huston si unì al regista William Wyler e allo sceneggiatore Philip Dunne per istituire il Comitato per il Primo emendamento. Huston faceva parte di una delegazione di liberali industriali—tra cui Bogart e Lauren Bacall—che volarono a Washington, DC, per sostenere quei testimoni che avevano preso una posizione conflittuale quando furono chiamati a testimoniare davanti all’HUAC. Come altri membri della delegazione, tuttavia, Huston fu messo fuori dalla belligeranza aggressiva dei testimoni “ostili” che sarebbero diventati noti come Hollywood Ten, anche se rimase disgustato dal procedimento nel suo complesso.

Il tesoro della Sierra Madre (1948) fu il ritorno di Huston alla regia cinematografica a Hollywood. Adattato da Huston da un oscuro romanzo del misterioso e solitario scrittore B. Traven e girato in Messico, ha interpretato Bogart nel ruolo decisamente non eroico di un cercatore paranoico, Fred C. Dobbs. Per quanto Bogart fosse bravo a descrivere la discesa di Dobbs nella follia, la maggior parte dei critici credeva che fosse fuori-interpretato da Walter Huston come il brizzolato, sagace Howard, che cerca invano di impedire all’avidità di consumare la piccola band in cerca di tesori. (Questa era la prima volta che Huston aveva lanciato suo padre in un ruolo importante, anche se era apparso in cammei non qualificati in The Maltese Falcon e In This Our Life. Anche se Il tesoro della Sierra Madre sarebbe diventato uno dei più grandi trionfi critici di Huston e continua ad essere ampiamente considerato uno dei migliori film del suo tempo, è stato un disastro al botteghino, forse a causa del suo finale cupo e dell’audace casting di Bogart contro type. Tuttavia, il film è stato nominato per un Oscar per il miglior film, Huston ha vinto i premi per il miglior regista e la migliore sceneggiatura, e suo padre è stato nominato miglior attore non protagonista.

Bogart, Bacall, Edward G. Robinson, Lionel Barrymore e Claire Trevor recitarono nel prossimo film di Huston, Key Largo (1948), un adattamento pieno di suspense di una commedia di Maxwell Anderson considerata un classico noir. Con una sceneggiatura di Huston e Richard Brooks, è ambientato in un piccolo hotel delle Florida Keys che viene rilevato da un gangster (Robinson) che ha fatto un ritorno clandestino dalla deportazione a Cuba. Trevor ha vinto l’Oscar come miglior attrice non protagonista per la sua interpretazione della padrona del gangster. Cuba è stata quindi l’ambientazione di We Were Strangers (1949), un resoconto atmosferico del tentativo dei rivoluzionari di rovesciare il governo, interpretato da Jennifer Jones e John Garfield.