os locais de ligação de anticorpos possuem propriedades gerais que lhes permitem ligar diferentes antigénios com afinidades variáveis e ligar novos antigénios? Aqui, abordamos esta questão examinando as características físicas e químicas mais favoráveis para os resíduos envolvidos no alojamento de antigénios e ligação. Aminoácidos anfipáticos poderiam facilmente tolerar a mudança do ambiente de hidrofílico para hidrofóbico que ocorre após a formação de complexo de anticorpos-antigénios. Os resíduos que são grandes e podem participar em uma grande variedade de interações de van der Waals e eletrostáticas permitiriam a ligação a uma gama de antígenos. Os aminoácidos com cadeias laterais flexíveis podem gerar uma região estruturalmente plástica, ou seja, um local de ligação com a capacidade de se moldar em torno do antigénio para melhorar a complementaridade das superfícies de interacção. Assim, os anticorpos poderiam ligar-se a um conjunto de novos antigénios usando um conjunto limitado de resíduos intercalados com resíduos mais únicos aos quais uma maior especificidade de ligação pode ser atribuída. Uma molécula de anticorpo individual poderia, portanto, ser cross-reactive e ter a capacidade de se ligar a ligantes estruturalmente semelhantes. A acomodação de variações na estrutura antigénica por uma modesta combinação de flexibilidade do local poderia dar uma importante contribuição para a defesa imunitária, permitindo a ligação de anticorpos a patógenos distintos mas intimamente relacionados.

Tyr e Trp cumprem mais prontamente estes requisitos físico-químicos católicos e, portanto, seria de esperar que fosse comum na combinação de locais por motivos teóricos. Suporte Experimental para isto vem de três fontes: (1) a alta frequência de participação desses aminoácidos no antigen binding observado em seis descodificados determinado anticorpo-antigénio complexos, (2) sua ocorrência freqüente a pretensa ligação regiões de anticorpos determinado a partir estruturais e seqüência de dados e (3) o potencial para o movimento do seu lado nas cadeias de conhecidos sítios de ligação ao anticorpo e o modelo de sistemas. Os seis antigénios ligados compreendem duas pequenas haptens diferentes, regiões não sobrepostas da mesma grande proteína e um peptídeo de resíduos de aminoácidos de 19. De um total de 85 posições de complementaridade determinando as regiões, apenas 37 locais (mais 3 framework) estão diretamente envolvidos na interação com antígenos. Destes, o resíduo de cadeia leve 91 é utilizado por todos os complexos examinados, enquanto a cadeia leve 32, a cadeia leve 96 e a cadeia pesada 33 são empregados por cinco dos seis. Os locais de ligação em complexos de antigénios de anticorpos conhecidos, bem como os locais de combinação postulados em fragmentos de Fab livres, apresentam características semelhantes no que respeita aos tipos de aminoácidos presentes. O possível papel de outros aminoácidos também é avaliado. Potenciais implicações para as regiões combinando das principais moléculas de histocompatibilidade de classe I e o design racional das moléculas são discutidos.