Las Marcas de la Iglesia son aquellas cosas por las cuales la Verdadera Iglesia puede ser reconocida en la teología protestante. Generalmente se enumeran tres marcas: la predicación de la Palabra, la administración de los sacramentos y la disciplina de la iglesia. La Confesión belga dedica un capítulo (Artículo 29) a las «Marcas de la Iglesia Verdadera» y las enumera de la siguiente manera:

La iglesia verdadera puede ser reconocida si tiene las siguientes marcas: La iglesia se dedica a la predicación pura del evangelio; hace uso de la administración pura de los sacramentos como Cristo los instituyó; practica la disciplina de la iglesia para corregir las faltas. En resumen, se gobierna a sí misma de acuerdo con la pura Palabra de Dios, rechazando todas las cosas contrarias a ella y sosteniendo a Jesucristo como la única Cabeza. Por estas marcas uno puede estar seguro de reconocer a la verdadera iglesia-y nadie debe separarse de ella.

Louis Berkhof señala que los teólogos reformados han diferido en cuanto al número de puntos: Teodoro Beza habló de una sola (predicación), Juan Calvino y Heinrich Bullinger hablaron de dos (predicación y sacramentos), mientras que Pedro Mártir y Zacarías Ursinus hablaron de tres: predicación, sacramentos y disciplina. Sin embargo, Edmund Clowney señala que Calvino «incluyó la disciplina en la observancia adecuada de los sacramentos. Albert Mohler llama a la disciplina de la iglesia la «marca perdida» de la iglesia.