Les Marques de l’Église sont les choses par lesquelles la Vraie Église peut être reconnue dans la théologie protestante. Trois marques sont généralement énumérées: la prédication de la Parole, l’administration des sacrements et la discipline de l’Église. La Confession belge consacre un chapitre (article 29) aux « Marques de la Vraie Église » et les énumère comme suit:

La vraie Église peut être reconnue si elle porte les marques suivantes : L’Église s’engage dans la pure prédication de l’Évangile; elle utilise la pure administration des sacrements tels que le Christ les a institués ; elle pratique la discipline de l’Église pour corriger les fautes. En bref, il se gouverne selon la Parole pure de Dieu, rejetant toutes choses qui lui sont contraires et tenant Jésus-Christ comme seule Tête. Par ces marques, on peut être assuré de reconnaître la véritable Église and et personne ne devrait en être séparé.

Louis Berkhof note que les théologiens réformés ont divergé quant au nombre de marques: Théodore Bèze ne parlait que d’une (prédication), Jean Calvin et Heinrich Bullinger en parlaient de deux (prédication et sacrements), tandis que Pierre Martyr et Zacharie Ursinus parlaient de trois – prédication, sacrements et discipline. Néanmoins, Edmund Clowney souligne que Calvin « a inclus la discipline dans la bonne observance des sacrements. »Albert Mohler appelle la discipline de l’église la « marque manquante » de l’église.