Depois de dirigir o melodrama Nesta Nossa Vida (1942), Huston foi incapaz de completar seu próximo projeto, o alto-mar espionagem conto Através do Pacífico (1942), porque ele foi convocado. Para os EUA. Exército Pictórico de Serviço, Huston, dirigido e narrado o renomado II Guerra Mundial documentários Relatório da Aleutians (1943), A Batalha de San Pietro (1945), e faça-se a Luz, a última inquietante estudo da emocionalmente instável veteranos em Long Island hospital, que era tão poderosa que ele não foi dado um lançamento ao público, até o início da década de 1980. Huston foi dispensado do exército em 1945, com o posto de principal e condecorado com a Legião de Mérito para tornar seus filmes em uma perigosa batalha condições.de volta aos Estados Unidos, ele trabalhou nos roteiros para Robert Siodmak’s The Killers e Orson Welles’s The Stranger (ambos 1946). Huston também dirigiu Jean-Paul Sartre’s No Exit na Broadway em 1946. Em 1947, enquanto o Comitê de atividades não-Americanas (HUAC) da câmara se preparava para a sua vaga inicial de audiências nas antigas ou atuais afiliações comunistas da comunidade de Hollywood, Huston juntou-se ao diretor William Wyler e roteirista Philip Dunne no estabelecimento do Comitê para a Primeira Emenda. Huston fazia parte de uma delegação de liberais da indústria—incluindo Bogart e Lauren Bacall—que voou para Washington, D. C., para apoiar as testemunhas que tinham tomado uma posição de confronto quando chamadas para testemunhar perante o HUAC. Como outros membros da delegação, no entanto, Huston foi afastado pela beligerância agressiva das Testemunhas “hostis” que se tornariam conhecidas como os Dez de Hollywood, embora ele permanecesse desgostoso com os procedimentos como um todo.o tesouro da Sierra Madre (1948) foi o retorno de Huston à direção de filmes em Hollywood. Adaptado por Huston a partir de um romance obscuro do misterioso e recluso escritor B. Traven e filmado em locações no México, ele estrelou Bogart no papel decididamente pouco heróico de um prospector paranóico, Fred C. Dobbs. Por Mais bom que Bogart fosse em retratar a descida de Dobbs à loucura, a maioria dos críticos acreditavam que ele era mais atuado por Walter Huston como o Grizzled, sagacious Howard, que tenta em vão impedir a ganância de consumir a pequena banda de busca do Tesouro. (Esta foi a primeira vez que Huston escolheu o seu pai para um papel importante, embora ele tivesse aparecido em camelos não preenchidos no Falcão Maltês e nesta nossa vida. Embora o tesouro da Sierra Madre se tornasse um dos maiores triunfos críticos de Huston e continuasse a ser considerado um dos melhores filmes de seu tempo, foi um desastre de bilheteria, talvez por causa de seu final sombrio e o ousado arremesso de Bogart contra o tipo. Ainda assim, o filme foi nomeado para um oscar para melhor filme, Huston ganhou os prêmios de melhor diretor e melhor roteiro, e seu pai foi nomeado melhor ator coadjuvante.

Bogart, Bacall, Edward G. Robinson, Lionel Barrymore, e Claire Trevor estrelaram o próximo filme de Huston, Key Largo (1948), uma adaptação suspense de uma peça de Maxwell Anderson que é considerada como um filme clássico noir. Com um roteiro de Huston e Richard Brooks, ele é ambientado em um pequeno hotel em Florida Keys, que é tomado por um gangster (Robinson) que fez um retorno clandestino da deportação para Cuba. Trevor ganhou o Oscar de Melhor Atriz Coadjuvante por sua interpretação da amante do gangster. Cuba foi então o cenário para “We Were Strangers” (1949), um relato atmosférico da tentativa dos revolucionários de derrubar o governo, que estrelou Jennifer Jones e John Garfield.