De kenmerken van de kerk zijn die dingen waardoor de ware kerk kan worden herkend in de protestantse theologie. Drie merken worden meestal opgesomd: de prediking van het woord, de toediening van de sacramenten en kerkelijke discipline. De Belgische belijdenis wijdt een hoofdstuk (Artikel 29) aan de “merken van de ware kerk” en noemt ze als volgt:

de ware kerk kan worden herkend als zij de volgende merken heeft: de kerk houdt zich bezig met de zuivere prediking van het evangelie; zij maakt gebruik van de zuivere toediening van de sacramenten zoals Christus ze heeft ingesteld; zij oefent kerkelijke discipline uit om fouten te corrigeren. Kortom, het regeert zichzelf volgens het zuivere Woord van God, verwerpt alle dingen die daarmee in strijd zijn en houdt Jezus Christus als het Enige Hoofd. Door deze tekens kan men er zeker van zijn de ware kerk te herkennen-en niemand zou daarvan gescheiden moeten worden.Louis Berkhof merkt op dat Gereformeerde theologen van mening verschillen over het aantal markeringen: Theodorus Beza sprak over slechts één (prediking), Johannes Calvijn en Heinrich Bullinger spraken over twee (prediking en sacramenten), terwijl Peter martelaar en Zacharias Ursinus spraken over drie – prediking, sacramenten en discipline. Toch wijst Edmund Clowney erop dat Calvijn “discipline heeft opgenomen in de juiste naleving van de sacramenten.”Albert Mohler noemt kerkdiscipline het” ontbrekende teken ” van de kerk.