Kyrkans märken är de saker som den sanna kyrkan kan erkännas i protestantisk teologi. Tre märken räknas vanligtvis upp: predikan av ordet, administrationen av sakramenten och kyrkans disciplin. Den belgiska bekännelsen ägnar ett kapitel (artikel 29) till ”den sanna kyrkans märken” och listar dem på följande sätt:

den sanna kyrkan kan erkännas om den har följande märken: kyrkan engagerar sig i den rena predikningen av evangeliet; den använder sig av den rena administrationen av sakramenten som Kristus inrättade dem; den utövar kyrkans disciplin för att korrigera fel. Kort sagt, det styr sig enligt Guds rena ord, avvisar allt som strider mot det och håller Jesus Kristus som det enda huvudet. Genom dessa märken kan man vara säker på att erkänna den sanna kyrkan-och ingen borde separeras från den.

Louis Berkhof konstaterar att reformerade teologer har skiljt sig åt när det gäller antalet märken: Theodore Beza talade bara om en (predika), John Calvin och Heinrich Bullinger talade om två (predika och sakrament), medan Peter Martyr och Zacharias Ursinus talade om tre predikningar, sakrament och disciplin. Ändå påpekar Edmund Clowney att Calvin ”inkluderade disciplin i korrekt efterlevnad av sakramenten.”Albert Mohler kallar kyrkans disciplin kyrkans ”saknade märke”.