Gen OntologyEdit

Gene Ontology (GO) poskytuje systém pro hierarchicky klasifikace genů nebo genových produktů do podmínek organizovány v grafu struktury (či ontologie). Termíny jsou seskupeny do tří kategorií: molekulární funkce (popisující molekulární aktivitu genu), biologický proces (popisující větší buněčné nebo fyziologické úlohy prováděné gen, koordinovaný s jinými geny) a buněčné součásti (s popisem umístění v buňce, kde genový produkt plní svou funkci). Každý gen může být popsán (anotován) více termíny. GO se aktivně používá ke klasifikaci genů od lidí, modelových organismů a řady dalších druhů.

pomocí GO je možné načíst sadu termínů používaných k popisu jakéhokoli genu, nebo naopak, daný termín, vrátit sadu genů anotovaných k tomuto termínu. Pro druhý dotaz se používá hierarchický systém GO, který poskytuje úplné výsledky. Například dotaz na termín GO pro nucleus by měl vrátit geny anotované k termínu „jaderná membrána“.

Tlumočení vysokou propustnost dataEdit

Některé druhy high-propustnost experimenty (např. RNA seq) návrat sady genů, které jsou nad nebo pod vyjádřil. GO mohou být použity k funkčně profil tato sada genů, určit, které termíny se objevují častěji než by se očekávalo náhodou při zkoumání sadu pojmů, poznámkami k zadání geny. Experiment může například porovnat genovou expresi ve zdravých buňkách versus rakovinné buňky. Funkční profilování lze použít k objasnění základních buněčných mechanismů spojených s rakovinovým stavem. Tomu se také říká termín obohacení nebo termín overreprezentace, protože testujeme, zda je termín GO statisticky obohacen pro danou sadu genů.