A Gén OntologyEdit

A Gén Ontológia (GO) biztosítja a rendszer hierarchikusan osztályozása gének vagy géntermék a feltételek szervezett a gráf szerkezete (vagy egy ontológia). A kifejezések három kategóriába sorolhatók: molekuláris funkció (egy gén molekuláris aktivitásának leírása), biológiai folyamat (a gén által végzett nagyobb sejt-vagy fiziológiai szerep leírása, más génekkel összehangolva) és sejtkomponens (a sejt azon helyének leírása, ahol a géntermék végrehajtja funkcióját). Minden egyes gént több kifejezéssel lehet leírni (kommentálni). A GO-t aktívan használják az emberektől származó gének, a modell organizmusok és számos más faj osztályozására.

A GO használatával lehetőség van bármely gén leírására használt kifejezések halmazának lekérésére, vagy fordítva, adott kifejezés esetén, visszaadja az adott kifejezésre megjegyzéssel ellátott génkészletet. Az utóbbi lekérdezéshez a GO hierarchikus rendszerét alkalmazzák a teljes eredmények eléréséhez. Például a nucleus GO kifejezésre vonatkozó lekérdezésnek vissza kell térnie a “nukleáris membrán”kifejezésre jegyzetelt géneket.

nagy áteresztőképességű adatok Értelmezéseszerkesztés

bizonyos típusú nagy áteresztőképességű kísérletek (pl. RNS seq) olyan génkészleteket eredményeznek, amelyek expresszáltak vagy alatt vannak. A lehet használni, hogy funkcionálisan ez a profil beállítása a gének meghatározzák, hogy mely kifejezések jelennek meg gyakrabban, mint az várható véletlenül vizsgálva a készlet feltételek annotált, hogy a bemeneti gének. Például egy kísérlet összehasonlíthatja a gén expresszióját az egészséges sejtekben a rákos sejtekkel szemben. A funkcionális profilalkotás felhasználható a rákos állapothoz kapcsolódó mögöttes sejtmechanizmusok tisztázására. Ezt nevezik kifejezés dúsításnak vagy kifejezés túlreprezentációnak is, mivel azt vizsgáljuk, hogy a GO kifejezés statisztikailag gazdagodik-e az adott génkészlethez.