ontologia Geneiedit

ontologia genelor (GO) oferă un sistem pentru clasificarea ierarhică a genelor sau a produselor genetice în termeni organizați într-o structură grafică (sau o ontologie). Termenii sunt grupuri în trei categorii: funcția moleculară (descriind activitatea moleculară a unei gene), procesul biologic (descriind rolul celular sau fiziologic mai mare efectuat de genă, coordonat cu alte gene) și componenta celulară (descriind locația din celulă în care produsul genei își execută funcția). Fiecare genă poate fi descrisă (adnotată) cu mai mulți termeni. GO este utilizat în mod activ pentru a clasifica genele de la oameni, organisme model și o varietate de alte specii.

folosind GO este posibil să se recupereze setul de termeni utilizați pentru a descrie orice genă sau, invers, dat fiind un termen, să se returneze setul de gene adnotate la acel termen. Pentru ultima interogare, sistemul ierarhic al GO este folosit pentru a da rezultate complete. De exemplu, o interogare pentru termenul GO pentru nucleu ar trebui să returneze genele adnotate la termenul „membrană nucleară”.

interpretarea datelor de mare debit

anumite tipuri de experimente de mare debit (de exemplu, ARN seq) returnează seturi de gene care sunt supraexprimate sau subexprimate. GO poate fi folosit pentru profilarea funcțională a acestui set de gene, pentru a determina ce termeni GO apar mai frecvent decât s-ar aștepta întâmplător la examinarea setului de termeni adnotați la genele de intrare. De exemplu, un experiment poate compara expresia genelor în celulele sănătoase cu celulele canceroase. Profilarea funcțională poate fi utilizată pentru a elucida mecanismele celulare care stau la baza asociate cu starea canceroasă. Aceasta se mai numește îmbogățire pe termen sau suprareprezentare pe termen, deoarece testăm dacă un termen GO este îmbogățit statistic pentru setul dat de gene.