Som med alle operationer er HoLEP-proceduren ikke uden risici og bivirkninger. De mest almindelige bivirkninger er midlertidig mild forbrænding, hyppighed af vandladning og haster. Lægen kan ordinere antibiotika, hvis det er nødvendigt, eller hvis der opstår en infektion. Lejlighedsvis oplever mænd urininkontinens, som typisk forsvinder inden for seks uger og kan forbedres med bækkenbundsøvelser (undervist før operationen). En pude kan bæres om nødvendigt, men behovet for puder efter tre måneder er sjældent (mindre end to procent af patienterne, der gennemgår denne procedure).

nogle patienter kan muligvis ikke passere urin efter proceduren på grund af midlertidig hævelse og vil kræve et kateter, indtil hævelsen løser sig, og blæren genvinder sin normale funktion. Dette midlertidige kateter fjernes normalt kun en dag efter operationen. Som diskuteret ovenfor kan intermitterende blødning fortsætte i flere uger efter proceduren. Sjældent kan patienter opleve pludselige vanskeligheder med at passere urin, alvorlig blødning eller passage af blodpropper, der kan kræve genophospitalisering. Meget sjældent kan det være nødvendigt at gentage behandling eller yderligere operation, hvis prostata genvækst, vedvarende inkontinens, tilbageholdte vævsfragmenter i blæren og/eller perforering af blæren forekommer.

det er muligt for patienter at opleve svagere eller sjældent ingen erektioner bagefter, men fjernelse af din prostata bør ikke påvirke din evne til at få erektion negativt, hvis du har normale erektioner før proceduren. Efter prostatakirurgi er det almindeligt, at mænd ikke længere er i stand til at ejakulere sæd under orgasme, fordi sæden har tendens til at rejse tilbage i blæren. Denne ændring er ikke ubehagelig eller skadelig, men kan have en betydelig indvirkning på fertiliteten, hvis du håber at få børn i fremtiden. De fleste mænd rapporterer, at orgasmer fortsat er behagelige.