i juraperioden (omkring 201 til 145 millioner år siden) grænsede en dyb skorpe—Tethys Ocean—hele den sydlige kant af Eurasien og udelukkede derefter den arabiske halvø og det indiske subkontinent. For omkring 180 millioner år siden begyndte det gamle superkontinent Gondvana (eller Gondvanaland) at bryde op. En af gondvanas fragmenter, den litosfæriske plade, der omfattede det indiske subkontinent, forfulgte en nordpå kollisionskurs mod Den Eurasiske Plade i løbet af de efterfølgende 130 til 140 millioner år. Den Indisk-Australske Plade begrænsede gradvist Tethys-grøften inden for en kæmpe tang mellem sig selv og Den Eurasiske Plade. Da Tethys-grøften blev indsnævret, bøjede stigende kompressionskræfter lagene af sten under den og skabte sammenflettende fejl i dens marine sedimenter. Masser af granitter og basalter trængte ind fra dybden af kappen ind i den svækkede sedimentære skorpe. Mellem omkring 40 og 50 millioner år siden kolliderede det indiske subkontinent endelig med Eurasien. Pladen indeholdende Indien blev skåret nedad eller subduceret under Tethys-grøften på en stadigt stigende tonehøjde.

i løbet af de næste 30 millioner år drænede lavvandede dele af Tethys Ocean gradvist, da dens havbund blev skubbet op af den dybt Indisk-Australske Plade; denne handling dannede plateauet i Tibet. På plateauets sydlige kant blev marginale Bjerge-De Trans-Himalaya-områder i dag-regionens første Store Vandskel og steg højt nok til at blive en klimabarriere. Da der faldt tungere regn på de stejle sydlige skråninger, eroderede de store sydlige floder nordpå mod hovedvandet med stigende kraft langs gamle tværgående fejl og fangede vandløbene, der strømmer ud på plateauet, og lagde således grundlaget for dræningsmønstrene for en stor del af Asien. Mod syd den nordlige del af Det Arabiske Hav og Bengalbugten hurtigt fyldt med snavs båret ned af forfædres Indus, Ganges (Ganga), og Brahmaputra floder. Den omfattende erosion og aflejring fortsætter selv nu, da disse floder bærer enorme mængder materiale hver dag.

endelig, for omkring 20 millioner år siden, i den tidlige Miocæn-epoke, steg tempoet for den knusende union mellem de to plader kraftigt, og Himalaya-bjergbygningen begyndte for alvor. Da den indiske subkontinentale plade fortsatte med at kaste sig ned under den tidligere Tethys-skyttegrav, skrællede de øverste lag af gamle metamorfe klipper tilbage over sig selv i en lang vandret afstand mod syd og dannede bleer. Bølge efter bølge af bleer stak sydpå over den indiske landmasse i så langt som 60 miles (ca.100 km). Hver ny ble bestod af Gondvana-klipper, der var ældre end den sidste. Med tiden blev disse bleer foldet og kontraherede den tidligere skyttegrav med omkring 250 til 500 vandrette miles (400 til 800 km). Alt imens, nedskærende floder matchede hastigheden af løft, transporterer enorme mængder eroderet materiale fra de stigende Himalaya til sletterne, hvor det blev dumpet af floderne Indus, Ganges, og Brahmaputra. Vægten af dette sediment skabte depressioner, som igen kunne indeholde mere sediment. Nogle steder overstiger alluviumet under den Indo-gangetiske slette nu 25.000 fod (7.600 meter) i dybden.sandsynligvis kun inden for de sidste 600.000 år, under Pleistocæn-epoken (omkring 2.600.000 til 11.700 år siden), blev Himalaya de højeste bjerge på jorden. Hvis stærk vandret stød karakteriserede miocen og den efterfølgende Pliocen-epoke (omkring 23 til 2,6 millioner år siden), indbegrebet intens løft Pleistocen. Langs kerneområdet i de nordligste bleer—og lige ud over—opstod krystallinske klipper indeholdende nye gnejs og granitindtrængning for at producere de svimlende kamme, der ses i dag. På nogle få toppe, såsom Mount Everest, de krystallinske klipper bar gamle fossilbærende Tethys sedimenter fra den nordlige piggyback til topmøderne.

når de store Himalaya var steget højt nok, blev de en klimabarriere: de marginale bjerge mod nord blev frataget regn og blev lige så udtørrede som Tibets Plateau. I modsætning hertil steg floderne på de våde sydlige flanker med en sådan erosiv energi, at de tvang kamlinjen til at migrere langsomt nordpå. Samtidig fortsatte de store tværgående floder, der overtrådte Himalaya, deres nedskæring i takt med løftningen. Ændringer i landskabet, imidlertid, tvang alle undtagen de store floder til at omdirigere deres lavere baner, fordi, som de nordlige kamme steg, det gjorde også den sydlige kant af de omfattende bleer. De fleste af de store Himalaya-bjerge blev bygget i den nordlige del af landet. Nu forhindret i at strømme ret syd, de fleste mindre floder løb øst eller vest gennem strukturelle svagheder i midlands, indtil de kunne bryde igennem den nye sydlige barriere eller deltage i en større strøm.

i nogle Dale, såsom Vale of Kashmir og Kathmandu-dalen i Nepal, dannede søer midlertidigt og blev derefter fyldt med pleistocænaflejringer. Efter tørring for omkring 200.000 år siden steg Kathmandu-dalen mindst 650 fod (200 meter), en indikation af lokaliseret løft inden for de mindre Himalaya.