et gen er en enhed af arvelig information. Bortset fra i nogle vira består gener af DNA, et komplekst molekyle, der koder genetisk information til transmission af arvelige træk. Alleler er også genetiske sekvenser, og de koder også for transmission af træk. Så hvad er forskellen mellem et gen og en allel?

det korte svar er, at en allel er en variant af et gen. Forklaret mere detaljeret ligger hvert gen på et specifikt sted (placering på et kromosom) i to kopier, en kopi af genet arvet fra hver forælder. Kopierne er dog ikke nødvendigvis de samme. Når kopierne af et gen adskiller sig fra hinanden, er de kendt som alleler. Et givet gen kan have flere forskellige alleler, selvom kun to alleler er til stede på genets locus i ethvert individ.

alleler kan undertiden resultere i forskellige fænotyper (observerbare træk), hvor visse alleler er dominerende (tilsidesætter træk fra andre alleler) eller i nogle tilfælde flere alleler, der virker på en kodominant måde. Et eksempel på sidstnævnte er det humane ABO-blodgruppesystem, hvor personer med type AB-blod har en allel for a og en for B (personer med ingen af dem er Type O). Et eksempel på dominerende alleludtryk er blomsterfarve i ærteplanter. En plante med lilla blomster har faktisk en genotype (genetisk sammensætning) bestående af et gen med en dominerende P og en recessiv p-allel.