The Gene OntologyEdit

The Gene Ontology (GO) provides a system for hiërarchically classificing gens or gen products into terms organized in a graph structure (or an ontology). De termen zijn groepen in drie categorieën: moleculaire functie (beschrijving van de moleculaire activiteit van een gen), biologisch proces (beschrijving van de grotere cellulaire of fysiologische rol die door het gen wordt uitgevoerd, gecoördineerd met andere genen) en cellulaire component (beschrijving van de locatie in de cel waar het genproduct zijn functie uitvoert). Elk gen kan (geannoteerd) met veelvoudige termen worden beschreven. De GO wordt actief gebruikt om genen van mensen, modelorganismen en een verscheidenheid aan andere soorten te classificeren.

met behulp van de GO is het mogelijk om de reeks termen te vinden die gebruikt worden om een gen te beschrijven, of omgekeerd, gegeven een term, de reeks geannoteerde genen terug te geven aan die term. Voor de laatste vraag wordt het hiërarchische systeem van de GO gebruikt om volledige resultaten te geven. Bijvoorbeeld, zou een vraag voor de go term voor kern genen moeten terugkeren geannoteerd aan de term “kernmembraan”.

het interpreteren van hoge doorvoer dataEdit

bepaalde typen experimenten met hoge doorvoer (bijvoorbeeld RNA seq) geven sets genen terug die over of onder uitgedrukt zijn. GO kan worden gebruikt om deze reeks genen functioneel te profileren, om te bepalen welke termen vaker verschijnen dan bij toeval zou worden verwacht wanneer het onderzoeken van de reeks termen die aan de inputgenen worden geannoteerd. Bijvoorbeeld, kan een experiment genuitdrukking in gezonde cellen versus kankercellen vergelijken. Het functionele profileren kan worden gebruikt om de onderliggende cellulaire mechanismen te verduidelijken verbonden aan de kankervoorwaarde. Dit wordt ook term verrijking of term overrepresentatie genoemd, omdat we testen of een GO-term statistisch is verrijkt voor de gegeven set genen.