O Gene OntologyEdit

O Gene Ontology (GO) fornece um sistema para classificar hierarquicamente os genes ou produtos de gene em termos organizados em uma estrutura gráfica (ou ontologia). Os termos são grupos em três categorias: função molecular (descrevendo a actividade molecular de um gene), processo biológico (descrevendo o maior papel celular ou fisiológico realizado pelo gene, coordenado com outros genes) e componente celular (descrevendo a localização na célula onde o produto genético executa a sua função). Cada gene pode ser descrito (anotado) com vários termos. O GO é usado ativamente para classificar genes de humanos, organismos modelo e uma variedade de outras espécies.

Usando o GO é possível recuperar o conjunto de termos usados para descrever qualquer gene, ou inversamente, dado um termo, retornar o conjunto de genes anotados para esse termo. Para a última consulta, o sistema hierárquico do GO é empregado para dar resultados completos. Por exemplo, uma consulta para o termo GO para núcleo deve retornar genes anotados para o termo “membrana nuclear”.

interpretando dados de alto débito

certos tipos de experiências de alto débito (por exemplo, RNA seq) retornam conjuntos de genes que estão sobre ou sob expressão. O GO pode ser usado para funcionalmente perfil este conjunto de genes, para determinar que IR termos aparecem com mais frequência do que seria esperado pelo acaso quando se examina o conjunto de termos anotada a entrada de genes. Por exemplo, uma experiência pode comparar a expressão genética em células saudáveis versus células cancerosas. O perfil funcional pode ser usado para elucidar os mecanismos celulares subjacentes associados à condição cancerosa. Isto também é chamado de enriquecimento de termo ou sobre-representação de termo, uma vez que estamos testando se um termo GO é estatisticamente enriquecido para o conjunto dado de genes.