En 1972, Bhutto a d’abord essayé de nouer des liens amicaux avec l’Afghanistan, mais de telles tentatives ont été repoussées en 1973. En 1974, l’Afghanistan a commencé à s’impliquer clandestinement dans le Khyber Pakhtunkhwa au Pakistan, ce qui est devenu de plus en plus inquiétant pour le gouvernement de Bhutto. Les politiques de pachtoune controversées du président afghan Dawood Khan ont entraîné au Pakistan une violence horrible et des troubles civils. L’ISI a rapidement souligné que le président Daud fournissait des refuges sûrs et des camps d’entraînement aux militants anti-pakistanais et que son agence de renseignement avait été un bras principal de soutien aux actions à l’intérieur du Pakistan, notamment en fournissant un soutien aux séparatistes baloutches. Par conséquent, le gouvernement de Bhutto a décidé de riposter et Bhutto a lancé une contre-opération secrète en 1974 sous le commandement du major-général Naseerullah Babar, qui était alors Directeur général de la Direction Générale des Fronts occidentaux (DGWI). Selon le général Baber, c’était une excellente idée et elle a eu un impact percutant sur l’Afghanistan. L’objectif de cette opération était d’armer les fondamentalistes islamiques et de lancer une attaque dans différentes parties de l’Afghanistan. En 1974, Bhutto autorise une opération secrète à Kaboul et à l’Armée de l’air pakistanaise et les membres d’AI et de l’ISI extradent avec succès Burhanuddin Rabbani, Jan Mohammad Khan, Gulbadin Hekmatyar et Ahmad Shah Massoud à Peshawar, craignant que Rabbani ne soit assassiné. À la fin de 1974, Bhutto a donné l’autorisation finale d’une opération secrète pour former les moudjahidin afghans à affronter le gouvernement de Daoud Khan. Cette opération a été un succès ultime.

En 1976, Daud s’inquiétait de la dépendance excessive de son pays vis-à-vis de l’Union soviétique et de la montée de l’insurrection. Le 7 juin 1976, Bhutto effectue une visite d’État de trois jours en Afghanistan, suivie d’une visite de cinq jours de Daud Khan au Pakistan en août 1976. Le 2 mars 1977, un accord sur la reprise des communications aériennes entre l’Afghanistan et le Pakistan a été conclu, alors que les relations continuaient de s’améliorer. Bhutto et Daud effectuèrent un échange de visites officielles pour forcer l’Afghanistan à accepter la ligne Durand comme frontière permanente. Cependant, ces développements ont été interrompus lorsque Bhutto a été démis de ses fonctions et que Daud Khan a également été renversé par un coup d’état militaire peu de temps après. Les experts occidentaux ont considéré la politique de Bhutto comme une « politique astucieuse » en ce qui concerne la question de la frontière, car elle augmentait la pression sur l’Afghanistan et contribuait très probablement à stimuler le mouvement du gouvernement afghan vers l’accommodement. Le vice-ministre afghan des Affaires étrangères, Abdul Samad Ghaus, a également admis qu’avant le compromis, l’Afghanistan avait été fortement impliqué au Pakistan.