w 1972 roku Bhutto początkowo próbował nawiązać przyjazne więzi z Afganistanem, ale próby te zostały odrzucone w 1973 roku. W 1974 Afganistan rozpoczął tajne zaangażowanie w pakistańską Khyber Pakhtunkhwa, co stało się coraz bardziej niepokojące dla rządu Bhutto. Kontrowersyjna Polityka Pasztunizacyjna prezydenta Afganistanu Dawooda Khana spowodowała w Pakistanie makabryczną przemoc i niepokoje społeczne. ISI szybko zauważyło, że prezydent Daud zapewnia bezpieczne schronienia i obozy szkoleniowe dla bojowników anty-pakistańskich, a jego agencja wywiadowcza była głównym ramieniem wspierającym działania wewnątrz Pakistanu, w tym udzielanie wsparcia separatystom Baloch. W związku z tym rząd Bhutto podjął decyzję o odwecie i w 1974 roku rozpoczął tajną Kontratak pod dowództwem generała-majora Naseerullaha Babara, który był wówczas Dyrektorem Generalnym M. I. Directorate-General for Western Fronts (DGWI). Według generała Babera był to doskonały pomysł i wywarł silny wpływ na Afganistan. Celem tej operacji było uzbrojenie fundamentalistów islamskich i zainicjowanie ataku w różnych częściach Afganistanu. W 1974 Bhutto zezwolił na tajną operację w Kabulu i pakistańskich Siłach Powietrznych, a członkowie AI i ISI z powodzeniem przeprowadzili ekstradycję Burhanuddina Rabbaniego, Jana Mohammada Khana, Gulbadina Hekmatyara i Ahmada Szaha Massouda do Peszawaru, w obawie, że Rabbani może zostać zamordowany. Pod koniec 1974 Bhutto wydał ostateczną zgodę na tajną operację mającą na celu przeszkolenie afgańskich mudżahedinów w celu przejęcia władzy przez rząd Daouda Khana. Operacja zakończyła się sukcesem.

do 1976 roku Daud był zaniepokojony nadmierną zależnością swojego kraju od Związku Radzieckiego i narastającą rebelią. 7 czerwca 1976 Bhutto złożył trzydniową wizytę państwową w Afganistanie, a następnie pięciodniową wizytę Daud Khana w Pakistanie w sierpniu 1976. W dniu 2 marca 1977 r.osiągnięto porozumienie w sprawie wznowienia łączności lotniczej między Afganistanem a Pakistanem, ponieważ stosunki nadal się poprawiały. Bhutto i Daud dokonali wymiany oficjalnych wizyt, aby zmusić Afganistan do przyjęcia linii Duranda jako stałej granicy. Jednak Wydarzenia te zostały przerwane, gdy Bhutto został usunięty, a Daud Khan został obalony w wojskowym zamachu stanu wkrótce po tym. Zachodni eksperci postrzegali Politykę Bhutto jako „sprytną politykę” w odniesieniu do kwestii granicznej, ponieważ zwiększyła ona presję na Afganistan i prawdopodobnie pomogła pobudzić afgański rząd w kierunku zakwaterowania. Wiceminister Spraw Zagranicznych Afganistanu Abdul Samad Ghaus przyznał również, że przed zawarciem kompromisu Afganistan był mocno zaangażowany wewnątrz Pakistanu.