i efteråret 1652 Locke, i den forholdsvis sene alder af 20, trådte Christ Church, den største af colleges of University of Oksford og sæde for Retten i Charles I under borgerkrigene. Men de royalistiske dage var nu bag det, og Cromvels puritanske tilhængere fyldte de fleste af stillingerne. Han var selv kansler, og han var vicekansler og dekan. Men det lykkedes dem i vid udstrækning at genoprette universitetet til normalitet så hurtigt som muligt.Locke rapporterede senere, at han fandt, at bacheloruddannelserne var kedelige og ustimulerende. Det var stadig stort set det middelalderlige universitet, der fokuserede på Aristoteles (især hans logik) og stort set ignorerede vigtige nye ideer om arten og oprindelsen af viden, der var blevet udviklet i skrifter af Francis Bacon (1561-1626), ren Kristian Descartes (1596-1650) og andre naturfilosoffer. Selvom deres værker ikke var på den officielle pensum, læste Locke dem snart. Han dimitterede med en bachelorgrad i 1656 og en kandidatgrad to år senere, om hvilket tidspunkt han blev valgt til studerende (svarende til stipendiat) af Christ Church. Han var en af de første til at tage kontakt til den nye videnskab, blandt andet biskoppen John Vilkins, astronomen og arkitekten Christopher, lægerne Thomas Vilis og Richard lavere, fysikeren Robert Hooke og, vigtigst af alt, den fremtrædende naturfilosof og teolog Robert Boyle. Locke deltog i klasser i iatrokemi (den tidlige anvendelse af kemi til medicin), og inden længe samarbejdede han med Boyle om vigtig medicinsk forskning i humant blod. Medicin fra nu af skulle spille en central rolle i hans liv.genoprettelsen af det engelske monarki i 1660 var en blandet velsignelse for Locke. Det fik mange af hans videnskabelige samarbejdspartnere til at vende tilbage til London, hvor de snart grundlagde Royal Society, som gav stimulansen til meget videnskabelig forskning. Men den nye frihed fra puritansk kontrol tilskyndede til uregerlig adfærd og religiøs entusiasme blandt de studerende. Disse overdrivelser fik Locke til at være forsigtig med hurtig social forandring, en holdning, der uden tvivl delvis afspejlede hans egen barndom under borgerkrigene.i sit første væsentlige politiske arbejde, to traktater om regeringen (komponeret i 1660, men først offentliggjort tre århundreder senere, i 1967), forsvarede Locke en meget konservativ holdning: af hensyn til politisk stabilitet er en regering berettiget til at lovgive om ethvert spørgsmål om religion, der ikke er direkte relevant for kristendommens væsentlige tro. Denne opfattelse, et svar på den opfattede trussel om anarki, som sekteriske forskelle udgjorde, var diametralt imod den doktrin, som han senere ville forklare i to afhandlinger om regeringen (1689).i 1663 blev Locke udnævnt til seniorcensor i Christ Church, en stilling, der krævede, at han skulle føre tilsyn med studierne og disciplinen for studerende og holde en række foredrag. De resulterende Essays om naturloven (først offentliggjort i 1954) udgør en tidlig redegørelse for hans filosofiske synspunkter, hvoraf mange bevarede han mere eller mindre uændret resten af sit liv. Af disse var sandsynligvis de to vigtigste for det første hans engagement i en naturlov, en naturlig moralsk lov, der understøtter rigtigheden eller forkertheden af al menneskelig adfærd, og for det andet hans abonnement på det empiriske princip, at al viden, inklusive moralsk viden, stammer fra erfaring og derfor ikke medfødt. Disse påstande skulle være centrale for hans modne filosofi, både med hensyn til politisk teori og epistemologi.