genet Ontologidit

genet ontologi (GO) tilvejebringer et system til hierarkisk klassificering af gener eller genprodukter i termer organiseret i en grafstruktur (eller en ontologi). Vilkårene er grupper i tre kategorier: molekylær funktion (beskriver molekylær aktivitet af et gen), biologisk proces (beskriver den større cellulære eller fysiologiske rolle udført af genet, koordineret med andre gener) og cellulær komponent (beskriver placeringen i cellen, hvor genproduktet udfører sin funktion). Hvert gen kan beskrives (kommenteret) med flere udtryk. GO bruges aktivt til at klassificere gener fra mennesker, modelorganismer og en række andre arter.

Ved hjælp af GO er det muligt at hente det sæt udtryk, der bruges til at beskrive ethvert gen, eller omvendt, givet et udtryk, returnere det sæt gener, der er kommenteret til det udtryk. For sidstnævnte forespørgsel anvendes Go ‘ s hierarkiske system til at give komplette resultater. For eksempel skal en forespørgsel til go-udtrykket for kerne returnere gener, der er kommenteret til udtrykket “kernemembran”.

tolkning af data med høj kapacitet

visse typer eksperimenter med høj kapacitet (f.eks. GO kan bruges til funktionelt at profilere dette sæt gener for at bestemme, hvilke go-termer der forekommer hyppigere, end man kunne forvente ved en tilfældighed, når man undersøger det sæt udtryk, der er kommenteret til inputgenerne. For eksempel kan et eksperiment sammenligne genekspression i raske celler versus kræftceller. Funktionel profilering kan bruges til at belyse de underliggende cellulære mekanismer forbundet med kræfttilstanden. Dette kaldes også term berigelse eller term overrepræsentation, da vi tester, om et GO-udtryk er statistisk beriget for det givne sæt gener.